虽说腓力在拜占庭海战当中实力了，但是这并不意味着能够阻止他对外扩张。公元前340年，雅典与一座正在被腓力所围攻的城邦结盟了，这开始让腓力按耐不住了，正是向阿提卡城邦宣战。公元前339年，第四次神圣战争爆发，给腓力派兵攻打希腊提供了机会。挑起战争的原因是雅典同底比斯一些城邦之间的瓜葛，而直接的导火索是阿姆菲萨人耕种了阿波罗圣地。尽此请求腓力出兵进行干预，腓力也因此借口对希腊进行征伐。
公元前339年底比斯人占领了温泉关附近的尼西亚，而早在公元前346年腓力就派兵驻扎在了那里，虽然这样的宣战行为腓力并未作出什么表示，但是底比斯占领的尼西亚地区却给腓力带来了大麻烦，因为这个地区是腓力进攻希腊的主要路径。不过万幸的是还有一条曲折的道路可以进入希腊的中部地区，这条路先让他的军队通过卡尔丽卓诺山进入福基斯。然而这里并没有过多的防御工事，好像希腊和底比斯人早就将这条路所遗忘。
先前在公元前346年的第三次神圣战争中腓力善待了福基斯人，等到这次他再次来到这里已经产生了非常有利的效果。当腓力带领着福基斯人到达伊拉提亚地区时，他告诉福基斯人可以重新在这里定居，并且在短短几个月的时间里再次将福基斯联盟建立起来，这使得他不仅有了后方基地外还获得了一个对其极其感激的盟友。
公元前338年，腓力快速越过温泉关占领了埃拉特亚，此时距离雅典地区仅剩下3天的路程，雅典人民十分惶恐。雅典提出与底比斯进行联盟一同对抗，与此同时腓力也派遣人去和底比斯结盟，即便不结盟也希望其保持中立。
这时候的底比斯还没有跟马其顿正式开战，他们完全可以避免与腓力发生战争，但是面对这腓力军队的不断深入，底比斯还是决定和自己的宿敌雅典进行联盟，一致抵抗马其顿捍卫希腊地区人民的自由。两国在正式成为联盟不久之后，雅典将军队派往埃拉特亚与底比斯军队进行合军。
由于底比斯和雅典的固守，使得腓力无法继续深入希腊地区。腓力掉头攻打阿姆菲萨，使得底比斯和雅典的后路被切断，两国被迫撤退喀罗尼亚地区。由于阿姆菲萨到喀罗尼亚的路途中不适合会战，腓力迅速返回卡尔利卓诺山，随即迅速攻打伊拉提亚，并占领底比斯和雅典的防守据点，这使得底比斯和雅典必须放弃当前的有利地形。
当时马其顿的军队约为三万步兵和两千骑兵，希腊的城邦联军主要由雅典和底比斯构成，还包括许多其他的城邦。此战雅典在左翼，底比斯在右翼，其他城邦联合军在中间。马其顿这边腓力率军在右翼，左翼由其得力老将和其儿子亚历山大统领。
双方的决战地喀罗尼亚，当时双方都采取了相应的阵型转变。在希腊联军采用了八行纵深的阵型，将骑兵分布于两翼，左翼由雅典军构成，右翼则是底比斯和其他城邦构成。战场的左右分别有一条河流和一个山脊，腓力率领骑兵和禁卫在右翼，亚历山大带领游击兵和骑兵在左翼，对面就是底比斯的军队。
腓力先是让骑兵向前推进，后面重装步兵采用马其顿方阵缓慢前进，而左翼按兵不动。当马其顿的右翼部队接近时，雅典军队发起冲锋，双方在战场上开始厮杀。后来据历史资料记载，在双方厮杀一段时间后腓力率领军队进行回撤，而雅典军队则在追击，底比斯这边不清楚腓力的用意仍旧按兵不动，这样使得雅典和底比斯的关系出现松动，雅典军的右翼整个暴露在马其顿的攻击范围之内，腓力等待已久的战机终于出现。
此时亚历山大立马指挥骑兵进攻雅典军右翼，并且派出游击兵干扰底比斯的援助。计谋成功之后腓力立即率军正面回怼雅典军队，在两侧夹击之下雅典军很快就被击散。亚历山大也率领骑兵绕到底比斯军队的后方，对其圣队发起冲锋，直接将其歼灭。在腓力这边雅典军成功杀出重围，但由于他们的队伍分散，最终还是在腓力的指挥下被打败。
最终这场战役以马其顿的胜利而结束。后来在这片战场上建立了喀罗尼亚狮子碑，以此来纪念在战场上牺牲的希腊联军。喀罗尼亚战役是世界历史上具有决定性战役之一，它的失败决定了希腊地区的自由民主彻底丧失，确定了马其顿对整个希腊地区的控制权。
在喀罗尼亚战争之后，腓力更加快速的进攻雅典和底比斯区域，在进攻雅典的时候，雅典民主派决定死守城池，并释放奴隶给与公民权，为的是增加可战斗的人口数量。此时的腓力则采用了温柔的杀人方式，他主动将战俘释放，并不要求割地赔款，这使得亲马其顿派的人立即占了上风。
公元前338年，腓力在科斯林给处斯巴达以外的所有城邦开了大会，并签订城下盟约，历史上成为德马德斯合约。内容主要是：1.解散海上的同盟关系，并与马其顿建立永久的同盟关系，同时不能给与马其顿敌人任何的援助。2.城邦之间发生冲突，必须有各同盟组成的代表大会进行决定，而其关键人物就是腓力。
总的来说就是任何国家不允许和马其顿发生冲突，并且在马其顿攻打别的地区的时候需要给予援助，同时不得投奔其他地区。在整个联盟内部，实际上就是经济利益的分配全部有腓力进行分配，表面上建立了民主的决策程序，实际上还是一人独裁的寡头统治。
喀罗尼亚战争是决定于希腊地区是否能够继续保持民主的决定性战争，战争的失败直接导致全部希腊地区归于马其顿的版图。聪明的腓力用一系列的政策，驱使希腊人民顺从。紧接着又与波斯宣战，以此分散希腊人们的注意力。自科林斯会议之后标志着马其顿彻底掌控希腊地区。
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