1973年埃及国王任命英国殖民者C·G·戈登为苏丹的总督，戈登为了统治和蚕食苏丹以及中非地区，他网罗了一大批的欧洲探险者、退役老兵来充当自己的助手。他们肆意施暴敛财，同时以武力镇压那些不满以及反抗的民众，以至于导致苏丹的经济直线下滑，人民相继逃离苏丹。1879年6月，英国胁迫昔日地跨欧亚非三洲的封建军事帝国——奥斯曼帝国素丹废黜伊斯梅尔帕夏，戈登也被迫去职，此后埃及在苏丹的统治机构更陷于瘫痪。马赫迪起义正是在这种形势下发生的。
1881年6月，马赫迪在白尼罗河的阿巴岛上，向苏丹各地发布信函，宣称他就是众所期待的救世主马赫迪(根据伊斯兰教的经典《圣训》预言：他是世界末日来临前的一个有宗教领袖性质的人物，是穆斯林的领袖，他降临世间，根据神圣的教法治理乱世，伸张正义，铲除暴虐，整顿伊斯兰教内部的全部分歧，复兴伊斯兰教的信仰，开创新纪元，在位7年。他出自先知穆罕默德的女儿发图买的后代中。什叶派对马赫迪的看法与逊尼派有分歧，什叶派认为隐遁的伊玛目就是必将再降世的马赫迪)，将给充满压迫与谬误的世界带来公正与平等。他号召恢复伊斯兰教的纯朴和正统，还提出“推翻异教徒”、“不交一文税”的口号。从而赢得了人民的爱戴和拥护，阿巴岛的群众纷纷参加起义的行列。
1881年8月，马赫迪的宣传让苏丹总督非常恼怒，他立即命令艾哈迈德到喀土穆解释自己的行为，遭到了他的断然拒绝。苏丹总督怒不可遏，马上派出两百多人的讨伐队前去阿巴岛抓捕马赫迪。马赫迪沉着机智，当即带着一支由农民、渔民和手工业者组成的三百多人的起义队伍撤出村庄，在村外的一片树林里隐蔽起来。
1881年8月12日，当讨伐队大摇大摆地进入伏击圈，马赫迪一声令下，手持棍棒、石头的起义者勇猛出击，打得讨伐队溃不成军，丢下一百多具尸体，残余的敌人落荒而逃。
马赫迪首战告捷，揭开了全国武装起义的序幕。但是，他的头脑非常冷静，他深知起义军的力量还很弱小，要避免与强敌过早地交锋，因此，他果断地指挥起义队伍，向西部的卡迪尔山区转移。那里群山连绵，地形险要，周围的穷苦百姓纷纷前来投奔起义军。
马赫迪在起义后，率领群众迅速转移到科尔多凡山区。以此为基地，积蓄力量，训练队伍，接连战胜前来讨伐的政府军，并于1883年1月攻占科尔多凡省首府乌拜伊德城。英国以埃及政府名义，派遣前英国驻印度上校军官W.希克斯率军镇压。希克斯与苏丹总督阿拉丁率军1万于1883年9月从白尼罗河上的杜怀姆出发，11月5日在欧拜依德南部的希甘附近的乌拜伊德地区，遭到马赫迪军的伏击，经过一上午的鏖战，敌军除了二百五十人逃生外，其余全被歼灭，希克斯上校和所有的军官都被当场打死。希甘之役(也叫乌拜伊德战役)后，起义军声威大振。12月，达尔富尔省省长、奥地利人R.von斯拉丁投降，赤道省省长、德国人E.施尼策尔退至中非地区，起义者直逼苏丹首府喀土穆。
1884年1月英国政府决定派戈登固守喀土穆，以便等待时机，卷土重来。2月，戈登到达苏丹首府，他先后发布法令、公告，许诺解放奴隶、减税和自治，以图收买人心，另外以英援军即将到来进行恫吓。他还用高官厚禄诱降马赫迪，允诺委任马赫迪为科尔多凡省的统治者，还随信送去了一份委任状和一套华贵的长袍。但被拒绝。与此同时，戈登在喀土穆开挖战壕、修建城墙，在城市周围树起铁丝网，并派武装汽船巡航，加强防卫，以待援军。3月，喀土穆与开罗间的联系中断，4月加扎勒河省省长F.M.勒普顿投降，5月起义军占领北部重要城市柏柏尔，1885年1月26日，马赫迪率军攻下喀土穆，击毙戈登。两天后，英援军被迫撤出苏丹。
经过4年的武装斗争，起义军已占领了苏丹的绝大部分土地，攻下喀土穆之后，以马赫迪为元首，建立起新的马赫迪派国家——马赫迪王国，设首都于恩图曼。在马赫迪之下，任命三大哈里发(继承人之意)。三大哈里发各拥有标志不同的军队，而以哈里发阿卜杜拉权力最大。此外，还设有金库总管及大法官各一名，负责财政及司法事务。为促进经济繁荣，在苏丹历史上第一次发行货币。
1885年6月22日，马赫迪突然逝世。临去世前，他指定哈里发阿卜杜拉作为继承人。阿卜杜拉统治时期(1885～1899)，对内粉碎哈里发沙里夫的夺权阴谋，清除政敌在各地的残余势力，成为全国惟一的哈里发，并集军政大权于一身，他还仿照西方国家制度，建立了参众两院制国会，两院国会;对外则坚决抵御外敌入侵。在国家连年战争、饥荒时疫频繁的情况下，捍卫民族独立达13年之久。
1896年，使用新式武器的英国殖民军再次向苏丹发动进攻，在1896年9月的栋古拉战役和1898年9月的喀土穆战役中，起义者战败。1898年4月，喀土穆陷落。阿卜杜拉率残部退守科尔多凡省，继续进行游击战，直至战死。
1899年英国和埃及签订英埃共管苏丹的协定，苏丹再次丧失独立地位，马赫迪派教徒转入地下活动，成为秘密教派。