清水崇从孩提时代就对拍电影产生了浓厚的兴趣，当他还在上小学的时候，就看了史蒂文·斯皮尔伯格执导的电影《外星人E.T.》，对这部电影喜欢得不得了，决心以电影为自己的奋斗目标。在近畿大学艺术学科专攻戏剧、艺能时，开始师从剧本家石堂淑朗。中途退学搬到京都，一边到电影院和咖啡馆打工一边投身于自主电影以及舞台剧的制作中。他做了大约三四年的助理导演，但是很快意识到没有机会学习更多的拍摄和照明技巧，于是就决定去电影学校学习。
1997年，清水崇成为了电影技术美学讲座的第1期学员。1998年，他制作了一部3分钟的电影短片《家庭访问》，该片受到了《午夜凶铃》的编剧之一高桥洋的赞扬，称他将来一定会大有作为，并将他拍摄的两部短片转交给了监制过《午夜凶铃》的制片人一濑隆重观看，一濑隆重观看后很快与日本V-Cinema电影公司达成协议，以录像带的形式发行这两部作品，最终，这两部电影于2000年上映，分别命名为《咒怨录像带版》和《咒怨2录像带版》。
2001年3月24日，执导的个人首部院线电影《富江3：重生》上映，该片由酒井美纪、妻夫木聪、忍成修吾联袂出演。
2003年1月25日，自编自导的恐怖电影《咒怨》上映，该片由奥菜惠、伊东美咲、上原美佐等人共同主演;8月23日，编导的恐怖电影《咒怨2》上映，该片由酒井法子、市川由衣、新山千春等联合主演。
2004年5月22日，执导的恐怖片《稀人》上映，该片由冢本晋也和宫下友美领衔主演，获得了第23届布鲁塞尔国际奇幻电影节金乌鸦奖;10月22日，执导的恐怖电影《咒怨》(美国版)上映，该片上映后连续两周位列北美票房冠军。
2006年1月7日，执导的恐怖片《轮回》上映，该片由优香、香里奈、椎名桔平共同主演;10月13日，拍摄的恐怖电影《咒怨2》(美国版)上映，该片由爱波·塔布琳、陈冠希等一同主演。
2007年4月2日，与北浦嗣巳、中田秀夫联合执导的奇幻悬疑剧《怪奇大作战 2nd File》首播。2008年2月2日，担任制片人的纪录片《草间弥生之最爱》上映。
2010年8月30日，受邀担任第67届威尼斯国际电影节3D电影单元的评委。2011年9月17日，拍摄的恐怖电影《恐怖兔子3D》上映，该片由由满岛光、香川照之、大森南朋等共同主演。2013年10月24日，担任监制的恐怖电影《僵尸》上映。
2014年3月1日，执导的奇幻电影《魔女宅急便》上映，该片由小芝风花、宫泽理惠、尾野真千子等人一同出演;6月11日，执导的惊悚恐怖电影《7500航班》上映，该片由瑞恩·柯万腾、艾米·斯马特、莱丝莉·比伯等合作出演。
2015年11月28日，与本广克行、中田秀夫、佐藤嗣麻子联合执导的多元素系列剧《世界奇妙物语 25周年秋季特别篇 电影导演篇》播出，清水崇负责《谎言诞生之日》单元。2016年6月18日，担任编剧的恐怖电影《贞子VS伽椰子》上映。
2017年5月初，担任监制的惊悚悬疑电影《恐惧罐头》开机;5月27日，担任制片人的CG动画电影《生化危机：复仇》上映;6月17日，拍摄的恐怖电影《童使》上映，该片由泷泽秀明、有冈大贵、门胁麦联合出演。
2020年2月7日，执导恐怖片《犬鸣村》将上映。
当观看恐怖电影达到一个层次以后，那些暴力杀人的场面已经很难让人内心做出什么反应，倒是清水崇依靠画面和声音来展现恐怖的手法让人心中的恐怖挥之不去，可谓够高明。清水崇是以强烈影像风格著称的导演，对画面的美感有相当程度的讲究，《轮回》的拍摄手法优缓而洗炼，大量镜头叙事将观众视觉不自觉引入故事之中，画面总是带有着偏移，强烈的立体空间感表现出来毫不突兀，有时候镜头的移动十分微缓，观众愈是专心于画面愈是容易被旁边的某块东西吸引，好似有什么不好的预见，观众心中的感受正是清水崇要达到的目的之一。在《咒怨》中，清水崇以一种非线形的叙事结构为恐怖片类型增添了新的活力，同时也创造了一些鲜为人知又令人恐惧的形象。(新浪娱乐、网易娱乐评)
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