1903年美国与巴拿马签署了《美马条约》，美国保证巴拿马的独立性，但是巴拿马要将占地1432平方公里的运河交给美国永久占领。直到1999年，巴拿马才正式收回运河主权。
1999年12月14日，巴拿马运河主权交接仪式在巴拿马城附近的米拉弗洛雷斯船闸处举行，巴拿马总统米蕾娅·莫斯科索和美国前总统卡特分别代表两国政府签署了关于运河主权和管辖权交接的换文。至此，这条连接南北美洲大陆、沟通太平洋和大西洋的“黄金水道”名副其实地成了“巴拿马的运河”。运河回归标志着巴拿马人民为收回运河进行长期英勇斗争的最后胜利，同时也标志着美国在中南美洲大陆殖民统治的终结。
巴拿马是按照1977年9月7日同美国签定的托里霍斯·卡特条约恢复对运河和运河区行使主权和管辖权的。根据该条约，巴拿马于今年12月31日从美国手中正式全面接管巴拿马运河。在此之前，美国全部撤走其在巴拿马运河区的军队。
巴拿马运河(英语：Panama Canal;西班牙语：Canal de Panama)位于中美洲国家巴拿马，横穿巴拿马地峡，连接太平洋和大西洋，是重要的航运要道，被誉为世界七大工程奇迹之一的“世界桥梁”。巴拿马运河由美国建造完成，1914年开始通航。现由巴拿马共和国拥有和管理，属于水闸式运河。从一侧的海岸线到另一侧海岸线长度约为65千米(40英里)，而由加勒比海的深水处至太平洋一侧的深水处约82千米(50英里)，宽的地方达304米，最窄的地方也有152米。
2016年6月26日，巴拿马运河拓宽工程举行竣工启用仪式。
当地时间2018年12月4日，巴拿马运河第四座大桥正式开工建设。当天，巴拿马总统巴雷拉将开工令颁发给承建这一工程的中国交通建设股份有限公司和中国港湾工程有限责任公司联营体。
“美马条约”规定，美国保证巴拿马的独立，巴拿马把宽10英里、面积1432平方公里的运河区交给美国永久占领、控制，巴拿马湾中的一些岛屿也交给美国使用，美国一次性付给巴拿马1000万美元，自1913年起，每年支付25万美元，第三条甚至明确规定巴拿马共和国不得在运河区执行国家主权，这就把运河区变成了国中之国。第五条规定美国拥有对巴拿马运河和铁路公司的全部财产的永久垄断权，第八条规定法国运河公司和铁路公司的全部财产和权利均须转让给美国，第二十四条规定，今后巴拿马共和国的政治形势无论发生什么变动，都将不得影响本条约规定给予美国的权力。条约中最重要的一点是，美国有权对巴拿马城和科隆城进行干涉，以维护公共秩序。
美国人的介入使巴拿马运河工程全面恢复，预算得到了控制，工期大大提前，1914年8月15日，完成了试航，1920年6月12日，巴拿马运河正式通航。在几十年的运河开凿史上，共有近3万人因伤病致死，其中包括不少中国工人。