虽然朱棣是朱元璋的儿子，朱允炆只是朱元璋的孙子，但既然朱元璋把皇位传给朱允炆，那朱棣就是臣子身份。最后朱棣却起兵除掉了朱允炆，然后自己登基称帝，那朱棣的这番作为究竟算不算是弑君者呢?自古以来，弑君之人都会被天下人视为不忠，君臣关系是决不会允许以下犯上的事情发生的。但在历史长河中，也有不少以下犯上的例子，而且最后结果不一定就是坏的。
自古以来，臣子都是不能杀自己的君王的，《权力的游戏》中，詹姆因为杀了疯王被赐号”弑君者“，可见外国也有这个讲究，更何况在中国这个讲究君臣父子的文化中呢?
孟子对于臣子弑君曾有过一番高明的见解，有人问他武王讨伐他的君王纣，算不算是叛逆，孟子回答：我只听说过武王杀了“一夫”纣，而没有听说过武王杀了他的君王纣。孟子的学说主张以民为本，君为轻，君王尽到责任才是君，没尽到就不是，所以他根本不承认纣王是武王的王。
在王位的争夺中，除了异姓之间的较量，还有同宗同族，甚至骨肉之间的较量，这些较量更加为世人所不能容，这也是为什么李世民在的登基之后，一直努力篡改史书的原因，他不仅杀了太子，也杀了他的哥哥，这是双重的错误。
当年朱棣打南京，也并不是说直接讨伐自己的皇帝加侄子朱允炆，而是需要一层”清君侧“的外衣，朱棣和他的后人在登上大宝之后，他们的合法性自然也是受到考验的，朱棣对方孝孺说，他不是要夺位子，而是要周公辅成王，方孝孺说成王呢?朱棣说他死了。方孝孺说，你怎么不立成王的儿子呢?朱棣说，国有长君，社稷之福，还是大一点好。方孝孺说：怎么不立成王之弟?朱棣说：闭嘴!这是我们朱家的事。
朱棣虽然即位了，但是明眼人都能看出来，他的皇位来之不正，而如果他的皇位不正，明朝后来的那些皇帝就也都不正了。所以，无论是朱棣还是朱棣的后人，都对朱允炆之死讳莫如深，从来就不提。
不过，总会有人忍不住，他就是明朝的第十三位皇帝朱翊钧，也就是我们熟悉的那位20多年不上朝的万历皇帝。提出这个问题的时候，朱翊钧年纪还很小，所以他才敢问这样的问题，他问他的首辅张居正：文帝是不是被我祖先杀了?毫无疑问这是一个难题，如果说实话就否定了朱棣一脉的合法性，如果讲假话就是欺君。而且皇帝年纪还小，需要正确的历史观。如果自己不告诉他，他就会去别人那里得到一个”错误的答案“。
张居正不愧老臣，他语重心长地对小皇帝说：本朝史官从未纪录过建文帝的下落，臣听说民间有传言，说建文帝出宫之后在山林云游，得其所哉，逍遥自在。他告诉皇帝不要担心，这种事日后就不要多想了。