同治皇帝死的时候，才只有19岁，连20岁都不到，而造成他的死因的到底是什么，却始终是众说纷纭。基本上是分成了两派，一个认为是天花，另一个认为是梅毒。这是两种完全不同的病，而造成两种病的病因也是完全不同的，究竟谁的说法才是对的，同治皇帝的真正死因到底是什么，为什么会染上病呢?
清入关后第八代皇帝同治，是叶赫那拉氏(慈禧)于咸丰六年(公元1856年)所生，同时也是咸丰皇帝(奕)的独子。同治六岁时即咸丰十一年(公元1861年)登基称帝，同治十二年(公元1873年)亲政。但他于同治十三年十二月初五日即病逝，此时距其亲政日期不到两年。
对于载淳的死因，众说纷纭，有的说载淳是死于天花，有的说是死于梅毒。
近来，在清代档案中发现了属于清代皇帝脉案档簿(以下简称“脉案”)的《万岁爷进药用药底簿》一份。
据记载，载淳于同治十三年十月三十日得病卧床。当天下午，太医院判李德立和御医庄守和诊断，结果是：“脉息浮数而细。系风瘟闭来，阴气不足，不能外透之症，以致发热头眩，胸满烦闷，身酸腿软，皮肤发出疹形未透，有时气堵作厥。”御医只请第一次脉就能做出上述的明确诊断，主要是因为载淳之病来势很凶，“疹形”表发得较显着。御医对此开出了用生地、元参、牛蒡子、芦根等十二味药配制的“益阴清解饮”，进行避风调理。同治仅服了一次药，效果便显出来了。第二天早上，夹杂着瘟痘的疹形即透出，也不似昨日那样烦闷堵厥了。但是，疹痘初发，未至出透，致使“瘟热熏蒸肺胃，以致咽喉干痛，胸满作呕，头眩身热，气颤谵言”。御医议用“清解利咽汤”对此进行调理。巳初三刻服药后，效果明显，是日午刻即“脉息浮洪，头面周身疹中夹杂之痘颗粒透出”。
这样，经御医们精心医治护理不足两天，痘颗虽然开始表发了，有些症状也有减退的迹象，但是由于瘟热毒滞过盛，以致头面、颈项发出的痘粒很稠密，而且痘颗颜色紫滞，又有咽痛作呕，身颤口干，便秘溺赤之内症。很明显，痘料透出后过盛的毒滞并没完全随之表发出来，最后用药无效，以致于身亡。
根据这些记载，有人便认为同治是死于天花，但这些记载只是宫廷里的片面记载，而民间的大多传闻却说同治帝是死于梅毒。
在一些正规学术着作里都记载着同治帝微服出宫，嬉戏游乐，甚至出入烟馆妓院的故事，如萧一山所着《清代通史》中就有同治因出游而患梅毒终致死亡的记载。
据记载，同治帝与皇后阿鲁特氏相亲相爱，但慈禧太后不喜欢阿鲁特氏。慈禧开始常命皇后等人陪她看戏。但皇后文静、不爱热闹，每次看到男女私情，则面壁而坐。慈禧本来对皇后就不满意，这样就更加不喜欢她了。皇后多次受责怪，依旧我行我素，慈禧便觉皇后故意不给她面子。而皇后对同治帝则是笑脸相迎，慈禧更认为她狐媚惑主，于是限制同治帝宠爱皇后，强令其移爱慧妃。而同治偏偏讨厌慈禧所喜欢的慧妃。于是，同治帝与太监佞臣常常微服外出寻花问柳。但同治怕臣下看见，不敢去京中较大的妓院名楼，专门找隐蔽的小妓院、暗娼等处。起初，人们对他的身份毫无所知，后来知道了也佯装不知。
一些王公大臣注意到同治帝微行纷传于内外，屡次劝谏同治而毫无成效。一次，同治帝对醇亲王奕当面劝谏一再抵赖，醇亲王只好把时间、地点一一指明，同治帝却一再追问他消息的来源。
虽然这些传闻的真实性还有待考证，但这些传闻传扬甚广，而同治帝又死得可疑，因此许多人怀疑他死于梅毒也就不奇怪了。
据说，载淳从烟花巷院染上梅毒，开始时毫无察觉，后来脸面、背部显出斑点，才召太医诊治。御医一见大惊，不知如何是好，因此请命于慈禧。慈禧传旨，向外界宣布说皇上只是染上天花。于是，御医们按照出痘的医法开药，没有效果。皇帝大怒，责问：“为何不按我的病医治我?”太医回奏：“太后命之。”而且《翁同和日记》中记载说：“风声过大，且非两宫圣意。”载淳愤恨不已。梅毒在当时是绝症，以天花治之，显然是为了掩盖丑闻，以免丢皇家脸面。所以同治后来就日益病重，下部溃烂而死。
同治究竟是死于天花还是死于梅毒，这两种说法各有各的来源，而且都能找出各自的证据，让人难以辨明，遂成清宫又一疑案。