1644年清朝军队入关，最后取代了明朝的统治。在清军刚入关的时候，面对着各地风起云涌的反清斗争，为了能够巩固统治，于是便采取了残酷的杀戮与无情的镇压。这在风险历史上写了黑暗的一页。不过在大局稳定之后，清朝皇帝转而采取了较为现实和明智的治国策略，励精图治，革故鼎新，前明延续近300年的许多弊端，也陆续被废除。
第一当首推锦衣卫、东厂等特务机构。这些特务机构，纯属朝廷行政机器上的毒瘤，它凌驾于朝廷法务体系之上，完全听命于皇帝一人，享有超越朝廷法纪的特权，可以不经任何正规程序而肆意监视、逮捕、杀戮官吏。它的存在，完全是皇帝皇权的变相延伸和过度扩展，纯属多此一举，有百害而无一利。
第二是太监专权。明朝可谓是历史上阉祸最为惨烈的时代之一，王振、刘瑾、魏忠贤等宦官，结党营私，把持朝政，排除异己陷害忠良，给明朝统治造成极大的危害。清朝皇帝入关之初就深刻认识到这一点，并采取了多种手段严厉压制和管控宦官，使得这些人只能老老实实做个奴仆，故清代没有出现一例像魏忠贤那样的阉祸。晚清虽有李莲英安德海等人一度走红，但他们顶多也就中饱私囊赚点黑心钱，干预朝政把持大权是远远谈不上。
第三是廷杖之刑。自朱元璋开始，皇帝在朝堂之上可以肆意殴打体罚大臣，称为廷杖。廷杖如同锦衣卫一样，也是皇权的滥觞和对法纪的践踏。大臣即使真有罪，由刑部三法司依法惩治即可，皇帝不由分说打人家一顿，甚至当场打死打残，野蛮残暴令人发指，还把其形成一项制度传承几百年。清朝则予以果断废止，在法治精神上比明朝前进一大步。
第四是太监监军制度。明朝皇帝骨子里有一种天生的不自信和自卑，就是不肯相信大臣的忠心和能力，始终视他们为外人，对于领兵打仗的将领尤为疑虑，因此把太监监军作为控制监视将领的有效手段。让毫无军事才能的太监来干预甚至决定武将的指挥权，结果往往是悲剧性的。清朝则废除了此项制度。
当然，清朝也延续了明朝的一些弊端并发扬光大，比如继续变本加厉实行海禁，严重制约了国际经济文化交流，使得清朝发展远远落后于世界。另外，清朝还大兴文字狱，禁锢思想摧残文化。清朝甚至还有一些方面远逊于明朝，比如明朝始终未出现后妃干政，而清朝出了个慈禧祸国殃民。