靖难之役，让原本正统继承皇位的朱允炆不仅丢了皇位，还下落不明，朱棣找了朱允炆很多年，但是历史上却并没有半点关于朱允炆下落的准确记载，明朝的皇陵当中，也根本就没有朱允炆的陵墓。不过，朱允炆是下落不明，但是朱允炆的皇后又是什么结局呢?他的皇后是谁，在靖难之役中是什么结局，朱棣又是怎么对待朱允炆的皇后的呢?
马氏，名恩慧，明惠帝朱允炆的皇后。其父是光禄少卿马全。
明太祖洪武二十八年被册封为皇太孙妃,次年为朱允炆生下一子，名朱文奎。
明太祖洪武三十一年(戊寅，公元1398年)闰五月，朱元璋驾崩。皇太孙朱允炆继位，改年号建文，是为建文帝。马氏被册封为皇后，其子朱文奎被立为皇太子。
明惠帝建文三年(辛巳，公元1401年)，马皇后又生下一子，名朱文圭。
明成祖永乐元年(壬午，公元1402年)，朱元璋的第四子朱棣以“清君侧”为名，率兵攻破南京金川门，占领京师(今南京)，结束历时三年的靖难之役。攻克京师(今南京)时，明惠帝朱允炆不知所终，太子朱文奎被杀，马皇后自焚而死。后被追谥为：孝愍温贞哲睿肃烈襄天弼圣让皇后。当时仅两岁的朱文圭被明成祖长期幽禁于中都(凤阳)广安宫，时人称之为‘建庶人’。
明英宗天顺元年(丁丑，公元1457年)，明英宗即位后，才将幽禁了五十五年的朱文圭放出，并下令在凤阳为他修建房屋，任其自由出入，还给建庶人娶妻，以续其子，并派人照顾建庶人生活起居。派遣太监牛玉到凤阳告诉建庶人，建庶人听说后，且悲且喜，表示没有料到圣恩如此。建庶人朱文圭被放出时已经五十六、七岁了，由于朱文圭自小便受到囚禁而无法和外界接触，被释放时连牛马都不认识，不久便死去。
南明年间，朱文圭被追谥为润怀王或原怀王。
公元1392年，大明王朝皇太子朱标病逝，朱允炆被立为皇长孙。朱允炆自小就熟读诗书，跟随在身边的文人志士也都是怀着理想主义的人物。性情同其父亲一般温顺，心胸大度，宽怀对人。朱元璋死后，朱允炆在南京即位，当时他只有二十一岁。而关于建文帝朱允炆的进一步详细的情况已经没有可信的资料。他在位时国内发展状况也已经无从考证，因为建文帝时期的档案已经全部被毁。
建文帝朱允炆有三位心腹，他们分别是黄子澄、齐泰与方孝孺。这三位儒家师傅倾心辅佐建文帝从政。黄子澄在当时备受尊敬，于明太祖在位时就已经担任过数职，现在被朱允炆封为翰林学士。齐泰对经书大有研究，被建文帝封为兵部尚书并参与国政。方孝孺是有名的思想家与文学家，不像其他几位那样那么早进入官场，大器晚成能够形容他的一生。
建文帝朱允炆最后的结局是扑朔迷离的。燕王起兵叛乱，那时南京城内皇宫大院大火弥漫，而几具烧焦的尸体已经无法辨认，有太监说是皇帝，皇后等人的遗骸。但建文帝最后到底是生是死没有人知道。
建文帝皇后姓马，死于朱棣发动的“靖难之役”。建文帝的马皇后名为恩惠。公元1396年，马氏为朱允炆生下了长子朱文奎。同年十月份，马氏被封为皇太孙妃。
公元1402年，建文帝朱允炆的皇叔朱棣以“清君侧”为名，率兵攻入南京。攻入南京之时，朱允炆已经下令放火火烧皇宫，之后建文帝下落不明，而建文帝皇后马氏则自焚而死。因为马皇后之死是在“靖难之变”中发生，正是这个特殊的背景，所以后世历代史料中都很少提到马皇后的事情。而有关马皇后的事迹是从《明史·后妃传》、《诸王传》及《罪惟录》等书中的只言片语中提炼出来，因此马皇后的身影才一步步被揭开。
当时燕王朱棣进入南京之后，搜索宫殿三天三夜，目的就是要找到建文帝的尸体。宫人最终从灰烬中扒出一具尸体，这具尸体面目全非，连是男是女也分不清，就连朱棣本人也禁不住流下同情的泪水。然而这具尸体是真的是建文帝吗?这具尸体的真实身份是建文帝皇后马氏。在这场骨肉相残的战乱中，建文帝马皇后成了明朝第一个殉国的皇后，而其他妃嫔不是被燕王杀死就是葬身火海，很少有人逃出宫。因此能够在史册记载的名列中只有皇后马氏一人。
靖难之变之后，朱棣成了明成祖，然而建文帝朱允炆却下落不明。那么建文帝留下了后代了吗?史书记载建文帝朱允炆实际上有两个儿子，长子名为朱文奎，次子名为朱文圭。
朱文奎出生之后，朱元璋说：“日月皆终，大凶之象。”于是朱文奎很不讨朱元璋的喜欢。建文元年时，朱文奎被立为皇太子。建文四年，朱棣叛乱举兵进攻南京之后，建文帝不知去向，而建文帝的儿子朱文奎也一起消失不见，很有可能是建文帝带着朱文奎一起逃跑了。
朱文圭是朱允炆的第二个儿子。当时朱棣实行“清君侧”，率领军队攻破南京时，朱文圭只有两岁，后来明成祖将其长期关在广安宫内。明英宗复辟之后，不忍心再将建庶人(朱文圭)幽禁，于是想要将其释放。明英宗当天就奏明太后，但是明英宗身边的人害怕建庶人出来会有变故，但明英宗表示一切看天命。于是英宗下令让建庶人住在凤阳修建好的房屋里，还给建庶人娶妻生子。这一举动是明英宗的明智之举，太监到凤阳宫告诉建庶人，建庶人听后非常高兴。朱文圭被放出来的时候已经五六十岁了，因为他自小就被幽闭在宫中，没有与外部接触导致他连牛马也不认识，实际上跟一个小孩子差不多。不久以后，朱文圭便逝世了。