朱棣的作为，其实从某种程度上来说，可以说他是造反，当时的皇帝正经的自然是朱允炆，是朱元璋传位的皇帝，但是朱棣起兵夺了朱允炆的皇位，不仅如此还弄得朱允炆下落不明，即便是到了今天也依然没人知道他到底去了什么地方，连皇陵都没有。不过，当时明明是朱允炆占据了很大的优势，为什么最终却还是败给朱棣呢?朱棣能够打赢的原因到底是什么?
靖难之役，又称靖难之变，是建文元年(1399年)到建文四年(1402年)明朝统治阶级内部争夺帝位的战争。
明太祖朱元璋在位时把儿孙分封到各地做藩王，藩王势力日益膨胀。因太子朱标早逝，洪武三十一年(1398年)，皇太孙朱允炆继位，是为建文帝。建文帝与亲信大臣齐泰、黄子澄等采取一系列削藩措施。与此同时，也在北平周围及城内部署兵力，又以防边为名，把明太祖第四子燕王朱棣的护卫精兵调出塞外戍守，准备削除燕王。
朱棣于建文元年(1399年)起兵反抗，随后挥师南下，史称“靖难之役”。建文帝起用老将耿炳文统兵北伐，又派李景隆继续讨伐，而建文帝也缺乏谋略，致使主力不断被歼。朱棣适时出击，灵活运用策略，经几次大战消灭南军主力，最后乘胜进军，于建文四年(1402年)攻下帝都应天(今江苏南京)。
战争历时四年(1399—1402年)。战乱中建文帝下落不明，或说于宫中自焚死，或说由地道逃去，隐藏于云、贵一带为僧。同年，朱棣即位，是为明成祖。
朱元璋最早册立了皇太子朱标。朱标是马皇后所生，马皇后善良贤惠，陪朱元璋戎马一生，吃尽了苦头，是朱元璋最爱的女人。在朱元璋屠戮功臣时，太子朱标受到莫大的压力和惊吓，三十八岁就去世了。
在朱标的病榻前，朱标的长子朱允炆精心服侍，并代父亲照顾几个弟弟，这孝道的一幕，感动了朱元璋。朱元璋虽然强悍残忍，但内心也有他柔软的地方，朱元璋对亲情，尤其对马皇后和太子朱标是很眷恋的，朱元璋生命最后几年，都是朱允炆在精心服侍，因此，朱5璋决定立朱允炆为皇太孙。
朱允炆温柔善良，博学多才，但缺乏权谋。如何统治庞大的帝国是个问题。所以，老皇帝提前把几个作乱的藩王处置了，当时，实力最强的燕王吓得装疯卖傻才逃过一劫。
朱元璋死后，朱允炆即位。朱允炆和谋士商量，首先要做的一件事，就是削藩(削减各地藩王的权利，免除后患)，而削藩的主要对象就是燕王朱棣。
燕王常年随朱元璋的大将打仗，很有军事能力，封地北京有自己的藩王武装十几万人，是诸王里面对皇权威胁最大的人。
建文帝继位后，朱棣跑到京城来致贺，见了皇帝极为不敬。当时有文臣卓敬提议，在京城把燕王朱棣解决掉，但建文帝念及叔侄之情不愿意。气的卓敬大喊:父子都反目，何况叔侄，杨广、杨坚难道不是亲情父子吗?
朱元璋的祭日，各地藩王来京祭悼，而燕王不敢来。于是，派他三个儿子前来祭奠，以示重视。大臣齐泰建议，把燕王的三个儿子扣为人质挟持燕王，使之不敢作乱;燕王的二儿子朱高勋，彪悍又有武功，颇具野心，日后必成大患，更不能放回去。但是，建文帝还是拒绝了大臣的建议。燕王三个儿子回去以后，燕王大喜，他正在耽心儿子们的安全，正在为自己鲁莽的决定而懊悔。
后来，燕王公开造反，和建文帝的部队交战。建文帝派出的将领是李景隆，李景隆的父亲是李文忠，和老朱家有一定的亲戚关系。李景隆是个纨绔子弟，很快战败，把皇帝交给他的五十万大军损失干净，百万担粮草尽数被燕王所获，自己空人跑了回来。按律当斩，但建文帝念及旧情，饶恕了他。后来，南京城被燕王攻破时，李景隆做了奸细，破城有功。
皇帝的部队吃了数不清的败仗，慢慢才发现，有一个可以和燕王抗衡的将军盛庸。盛庸以前在李景隆军队任职，和李景隆一起吃败仗，一起逃命，一起经历灰暗恐惧的时刻。
但是，他在和燕王作战时，慢慢摸透了燕王的路子，自己首创了一套战法，使用火枪和毒箭专门对付燕王的骑兵。他在东昌设局，引诱燕王部队，随之展开射杀，燕王损失惨重，大将张玉被射死，兵士死者无数。而燕王身先士卒，却毫发无损，原来，建文帝下密诏不能伤害皇叔性命。就这样，燕王朱棣一次又一次的死里逃生，然后，组织部队再打，最后，攻破南京当了皇帝。
南京城破，建文帝失踪，朱棣开始大肆报复，比朱元璋更狠，文臣方孝孺被灭了十族。各种酷刑应有尽有!
建文帝追求的是以德治国，朱元璋立朱允炆为皇位继承人，实际也是看上了他的宽厚仁慈。一个仁君执掌皇权，收益的是皇子皇孙和天下百姓。但是，再伟大的君主，也掌控不了身后的事情，这就是真实的历史。
朱棣称帝后，建文四年(1402年)六月十八日，恢复了周王朱橚、齐王朱榑的爵位。随后恢复代王朱桂、岷王朱楩的爵位。永乐元年(1403年)正月，明成祖令周、齐、代、岷四王归藩。六月二十六日，成祖取消建文帝之父朱标的兴宗庙号，重新称懿文太子;七月十二日，成祖将朱允炆的三个弟弟由亲王降为郡王;十一月将朱标之子朱允熥、朱允熞废为庶人，囚禁在老家凤阳。
朱棣因为反对建文帝削藩而起兵，为了争取诸王拥戴，还改变祖制给予宗室更高的品级。如按照洪武年间规定，镇国将军(郡王之子)为三品，辅国将军四品，奉国将军五品，镇国中尉六品，辅国中尉七品，奉国中尉八品。而成祖“遂加镇国将军从一品，辅国将军从二品，奉国将军从三品，镇国中尉从四品，辅国中尉从五品，奉国中尉从六品”。
然而由于朱棣自己是武装夺权的，为了保证中央政权稳固，他即位后先将诸边塞王改封于内地，然后逐渐解除诸王的兵权：永乐元年(1403年)削代王护卫及官属;永乐四年(1406年)削齐王护卫及官属，不久废为庶人;永乐六年(1408年)削岷王护卫及官属;永乐十年(1412年)削辽王护卫;永乐十五年(1417年)废谷王为庶人;永乐十九年(1419年)周王见势不妙，主动献还护卫。洪武朝带兵的十三位亲王，永乐朝削去了六个护卫。与此同时，大封靖难功臣，将大批有经验的武臣保留下来，加强中央政权，从根本上改变了中央和诸藩的军事力量对比。
虽然朱棣实现了朱允炆当年的目的，但只解决了眼前的问题，并没有改变祖制;其子汉王朱高煦和赵王朱高燧仍然设立了三护卫。宣德元年(1426年)，朱高煦叛乱，再次证明亲王典兵不是办法。亲征平定叛乱后，明宣宗利用其威望，迫使绝大部份藩王交出了护卫，并从各个方面对宗室加以控制。此后，宗室与中央的矛盾逐渐由军事上对政权的威胁转变为大量增加的俸禄对中央财政的压力。