对于历史上孝庄与多尔衮，一个身为太后，另一个是皇叔，先皇的弟弟新皇的叔父，这两个人之间却一直流传着一些流言，认为在皇太极死后，孝庄又嫁给了多尔衮。这件事情传得煞有其事，还有很多证据能够证明，还很能够说服人，但即便如此，还是有很多人认为历史上并没有这件事，这是为什么?孝庄太后是否真的嫁给了多尔衮呢?
“太后下嫁”与“顺治出家”、“雍正继位”，被合称为清初三大疑案。
1.后来，在《孝庄秘史》等影视剧中，大都是按太后下嫁的线索进行的。支持太后下嫁的说法，主要来自于这么几条资料：第一条史料是抗清明臣张煌言写有一首《建夷宫词》：“上寿觞为合卺尊，慈宁宫里烂盈门。春官昨进新仪注，大礼恭逢太后婚。”
春官指礼部，太后而曰“婚”，自然是改嫁了。通过这首诗，可见这次婚礼大典是由礼部等衙门操办，极为隆重，中外文武百官都上表祝贺。在那个时候，能让太后改嫁的，只能是多尔衮。
第二条是多尔衮为顺治的叔父，清廷先称为“皇叔父摄政王”，后则迳称“皇父摄政王”。多尔衮死后，当灵柩回京时，顺治亲率诸王大臣出城恭迎并颁布哀悼诏书，命令以皇帝的规格来安葬他。第二年，顺治又追封多尔衮为诚敬义皇帝，庙号成宗，升祔太庙。顺治帝改口，应该在很大程度上是由于母亲改嫁了。
第三条史料是孝庄病重时，遗命不与已故丈夫清太宗皇太极合葬于沈阳，而是在关内清东陵另建陵墓。她的理由是太宗奉安已久，不可为她惊动。后人认为这是她因为改嫁，没有脸面葬于皇太极的陵墓。在野史中，“太后下嫁”说的是在皇太极死后，孝庄文皇后为了辅助年幼的顺治皇帝，又嫁给了皇太极的弟弟摄政王多尔衮。
据称，当时清军入关后，多尔衮“出入宫禁，时与嫂侄居处，如家人父子。”不久，多尔衮妻子亡故，经范文程等人的鼓动，孝庄正值壮年，决定以身报答。顺治遂颁诏天下：“太后盛年寡居，春花秋月，悄然不怡。朕贵为天子，以天下养，乃独能养体，不能养志，使圣母丧偶之故，日在愁烦抑郁之中，其何以教天下考?皇叔摄政王现方鳃居，其身分容貌，皆为中国第一人，太后颇愿纡尊下嫁。朕仰体慈怀，敬谨遵行。一应典礼，着所司预办。”
2.至于孝庄为什么给嫁给多尔衮，原因则又有以下几个：
私通说：孝庄与多尔衮在入关之前就相识，后孝庄被皇太极娶入宫中，但皇太极最宠幸的是她的姐姐海兰珠。于是，孝庄与多尔衮私下有了暧昧关系。
报恩说：皇太极死后，皇位争夺激烈，多尔衮最终没有夺取皇位，而是选择了当摄政王，辅佐孝庄的儿子福临为帝，孝庄为了报恩，下嫁多尔衮。
保皇说：多尔衮在清朝入关时立下大功，顺治帝幼年继位，根基不稳，多尔衮有夺取皇位之心，为拉拢多尔衮，保住顺治的皇位，孝庄下嫁多尔衮。
风俗说：满洲旧俗可以娶兄嫂、姑母、侄女甚至继母，并非是见不得人的丑事，顺治祖父清太祖努尔哈赤就是其中一个。孝庄扶幼主在入关初期，汉化未深，从风俗上看也有此可能。历史上的孝庄文皇后，是科尔沁蒙古贝勒寨桑的二女儿。科尔沁蒙古是最早归附于后金政权的蒙古部落之一。为了巩固这种政治联盟关系，寨桑采取联姻的手段先后将自己的妹妹和女儿嫁给了后金的贵族。后金天命十年(1625年)，当年只有13岁的布木布泰嫁给了努尔哈赤的第八子、33岁的皇太极做侧福晋。十一年前,她的亲姑姑哲哲已嫁给皇太极为正房大福晋。九年以后(1634年)，皇太极又娶了她的姐姐海兰珠。可见她们一家姑侄三人共侍一夫。
1636年，皇太极改国号为大清，在盛京(今沈阳)称帝。布木布泰被封为庄妃，位居次西宫，她的姑姑哲哲位居中宫做了皇后，而后入宫的姐姐海兰珠被封为宸妃，位居东宫。皇太极似乎更喜欢孝庄的姐姐海兰珠。崇德三年(1638年)，皇太极恩宠的宸妃生的皇八子夭折。两天后庄妃生下了皇九子福临，就是后来的顺治皇帝。
3.不过，著名的清史大家孟森对太后下嫁做过驳斥：(一)张煌言是明遗臣而坚持抗清，写诗时人在南方，依据又是远道之传闻，邻敌之口语，难保不借此以渲染新朝的丑秽，故不能据此孤证作完论。(二)古代有尚父、仲父之称，都是对功臣的尊称。多尔衮功高，所以皇父也是尊称，非父亲之父。(三)清代皇后与皇帝分葬，不止孝庄一人，如孝惠之与顺治，而且当时已有另一皇后孝端(孝庄的姑姑)与太宗合葬，自更难再合葬。另外，如果从情理上看，如果太后确实下嫁给了多尔衮，那么在多尔衮死后尸骨未寒的情况下，应该不会有人敢出来陷害他。
如果太后真的下嫁多尔衮，并发了诏书，但至今历史学家尚未找到这份档案。遍检当时官员的文集笔记，也未见到这一事件的记载。另外，在当时朝鲜的《李朝实录》中，也没有找到“太后下嫁”的任何记载。当时朝鲜是清朝的属国，每年都会有几批朝鲜使节到北京进贡，如果下嫁，他们肯定也会听说这件事。由此可见，太后下嫁是假，应该是对清朝不满的汉人的伪造。
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