1861年，咸丰皇帝驾崩，之后不久爆发了“辛酉政变”，慈禧太后为此诛杀了咸丰帝所留下来的辅政大臣，成为了大清国的坐高权利统治者。不过这个时候的慈禧太后可没有时间和心情去享受夺权后所带来的喜悦，因为咸丰虽然已经驾崩了，但是咸丰帝所留下来的一堆烂摊子还可观的摆在了慈禧太后的面前。而此时的大清已经陷入到了内忧外患的境地。
在国家内部，北方的捻军与南方的太平军已经是让清政府焦头烂额。外面，自打1840年第一次鸦片战争爆发以来，各列强国都对中国是垂涎三尺。而却在慈禧太后掌权没多久之后，新疆也发生了变数。中亚地区的浩罕国看准了此时大清西部的防御比较薄弱，于是便入侵了新疆。浩罕国的将领阿古柏也趁机在新疆地区建立了一个独立的哲德沙尔国，准备将新疆分裂独立。
而同一时间，英国在吞并了印度之后也打着新疆的主意，北方的沙俄跟英国也是同样的想法。哲德沙尔国与浩罕国清庭倒是不足为据，主要是英国与俄国，让清庭倍感压力。一开始的时候清庭还没有闲暇的功夫来处理新疆的战乱，知道内地的局势相对稳定之后，清庭在派出了左宗棠去平定了西北的叛乱。
也就是在这个时候，大清国的东南沿海地区又遭到了列强的侵扰。战乱之后，清庭开始出现财政吃紧的局势，没有足够的财力来支持两线作战。一时间朝廷中针对房屋问题分成了两个派系，一方是支持海防派，理由是自道光以来，大清真正无力抵御的祸患就是来自于海上，因此要优先发展海防;而另一派系则是支持塞防派。
塞防派的认为，所说新疆看起来是偏远之地，但是被列强所环伺的大清，需要依靠新疆来拱卫。若是新疆丢失了，那么英国和俄国的魔爪必定又要染指到甘肃、蒙古、青海各部。然后英国和俄国就会像瓜分新疆那样继续瓜分蒙古、青海、甘肃各部。然后中原地区就会陷入到无险可守的状态，到那个时候，大清国将永远无法太平。
对于慈禧太后来说，清朝海防欠缺所带来的不足她是深有体会的。因为当年咸丰皇帝带着她出逃热河的时候就是因为英法联军的海军太过于的强大，大清国的军队只能被动挨打，最终导致了京城的丢失。但是慈禧更明白海防的不足，至少自己还有逃亡到热河这条路，若是塞防不足的话，大清国的屏障没了，大片大片的国土丢失的话，即便是自己想要出逃，只怕也是无路可逃了。
于是慈禧便以同治皇帝的名义颁布了诏书，力挺左宗棠收复新疆，而且好表示，哪怕是大清国砸锅卖铁也会支持其收复新疆。在左宗棠的强大攻势下，哲德沙尔国瞬间土崩瓦解，阿古柏本人也在战斗中身亡。不过此时的沙俄却陷入到了犹豫的状态，原因是沙俄并不像与大清国爆发大规模的战争，其次沙俄不愿意放弃已经触手可得的利益。最后的结果就是大清做出了让步，向沙俄赔偿了500万两白银，而沙俄则是必须撤出新疆。就这样，虽说整个过程很屈辱，但是新疆还是保下了，不然如今的地图就又是一个样子了。
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