公元540年，贝利萨留收复了意大利，算是协助查士丁尼大帝复兴罗马的愿望实现了一大半了。但是与此同时，贝利萨留的能耐却引起了查士丁尼大帝的忌惮，因此在很长的一段时间内，贝利萨留是被排除在权利中心之外的。也正是因为东罗马帝国东西两线都不平静，雕鸟未尽，良弓难藏，作为名将，贝利萨留也才能够保持起码的体面。在荣养期间，贝利萨留还被派到东方战线做过两次救火队长，虽然并不十分精彩，但总算是没有给查士丁尼收拾自己的机会。
然而，此时似乎还不是贝利萨留解甲归田的时刻，很快，意大利警讯传来。
原来，在公元540年，贝利萨留收复拉文纳，收降维提吉斯之后，查士丁尼出于对他的忌惮，并没有按照常例被授予意大利总督，而是被直接召回了拜占庭，甚至没有举行凯旋式。但是意大利的局势却并没有如查士丁尼所预料的那样发展。
由于帝国长期处于两线作战的态势，财政压力相当之大，为缓解压力，查士丁尼派驻意大利的行政官员竭力压榨当地民财。意大利刚刚经过连年战乱，民生经济所受残破相当之严重，尚未得到休养生息，高压税收使得当地人民苦不堪言。如此一来，不但哥特人心生反意，原本心向故国的罗马人也十分不满。于是，查士丁尼最担心的事情很快便发生了。
战后的意大利局势称为“山雨欲来风满楼”是毫不为过。俗话说乱世出豪杰，也正是在这种背景之下，一位哥特豪杰应运而出——托提拉。托提拉是维提吉斯之后哥特王伊尔狄巴杜斯的侄子。反罗马人的行动在贝利萨留离开意大利后便开始了，并且迅速演变为军事冲突，伊尔狄巴杜斯的领导能力遭到了哥特贵族的质疑，心直口快手更快的哥特人很快便杀死了伊尔狄巴杜斯。托提拉是哥特人中少有的少年英杰，不仅精明能干而且雷厉风行，他本身在哥特人中便极有威望，而且他通过巧妙的计策取得了罗马将领的支持。公元542年，在伊尔狄巴杜斯被杀的5个月之后，托提拉发动了叛乱，杀死继任的国王，自己登上了王位。于是，整个亚平宁半岛很快便遍地狼烟。
托提拉的继位，引起了查士丁尼大帝的不安，他命令意大利驻军平灭托提拉。但是此时在意大利的罗马驻军与贝利萨留主持大局时已经不可同日而语了。
在意大利的罗马军队大约有12000人，由于查士丁尼担心军阀势力坐大，他为这支军队派了11名将军，而且不相统属。这就导致了罗马军队指挥分散、各自为战，客观的讲，战力十分不堪，无疑，这是后来平叛不利的根源之一。另外，从当地收敛的民财大多数被运到拜占庭填补帝国财政亏空，再加上当地官员和将军们上下其手中饱私囊，导致当地驻军的军饷也产生了巨额拖欠。这样一来，本来已经因分散而战力大打折扣的罗马军队更是兵无战心。两个元素合在一起，导致罗马军队的战斗力更加不堪，直接导致了后来托提拉的坐大与意大利局势的糜烂。
托提拉，是天生的王者。与维提吉斯不同，托提拉非常注重争取民心——不仅仅是哥特人，还包括罗马人。此消彼涨之下，双方的力量对比逐渐发生着变化。简而言之，经过一年的混战，罗马军队并没有奈何得了托提拉，反而被托提拉打得步步后退。最终除北方的拉文纳以及附近几座城市和南方沿海几座城市以外，托提拉占领了几乎整个意大利中部，并向南方发展。对托提拉来说，大局已经底定，取胜只不过是时间问题。当然，这对拜占庭帝国来讲无疑是莫大的侮辱，查士丁尼觉得有必要严肃对待意大利的乱局了。此时查士丁尼能拿得出的，最有杀伤力的就只有贝利萨留了。然而，此时的贝利萨留已经不是当年那个可以任意挥洒才情与热血的骄傲将军，而是一头被困于樊笼的雄狮，这一樊笼便是查士丁尼的忌惮与猜忌。
冰冻三尺非一日之寒，查士丁尼对贝利萨留的忌惮也已不是一天了。在东罗马帝国成立后，旧帝国破落腐朽之气长久缠绵不去，表现出来便是政治混乱，官僚腐败以及军纪败坏。而贝利萨留不仅是一位擅长指挥的名将，更是一位颇有个人修养的谦谦君子。因此他在整个帝国官僚体系中便显得有些格格不入。在汪达尔战争中，由于贝利萨留执行军纪严格，以及制止军队的掳掠和屠城而被许多部下怨恨。战后便被许多军官举报意图谋反。因此，贝利萨留获得了极为荣盛的凯旋式但却未按旧例被授予北非总督。这应该就是查士丁尼对其猜忌的开始。
查士丁尼的猜忌在哥特战争时表现的更加突出。作为一场影响帝国气运的国战，查士丁尼的表现实在是有些游移不定，一方面迫于形势，渴望速战速决;另一方面又慑于贝利萨留势力坐大而犹疑不定。对于贝利萨留苦苦请求的援兵，先是进行添油战术零星补充，后来又派亲信宦官纳尔西斯率大军增援。考虑到接手北非事宜的也是一位亲信宦官，那么查士丁尼监控和制衡贝利萨留的用心便呼之欲出了，其中恐怕还有些分润军功的意思在。 第一次哥特战争结束后，同样由于部下举报，更有“伪哥特王故事”，查士丁尼对贝利萨留的猜忌几乎达到顶峰，甚至出现了欲对其加以迫害的迹象。由于两次战争，贝利萨留在军方的关系盘根错节，不仅调教出一大批骄兵悍将，更有亲自招募并训练的7000亲卫军，这此人对他都是忠心耿耿，贝利萨留算得上当时帝国第一大军头。这始终是查士丁尼心头的一根硬刺。鉴于此，查士丁尼借着一些将军对贝利萨留的举报，在皇后西奥多拉的推波助澜之下，很是处置了一批贝利萨留一系的军官。贝利萨留在军方的力量受到了相当大的打击。542年，拜占庭流行起鼠疫，查士丁尼也被传染病重，甚至一度被传驾崩。于是，一些遭受了迫害的贝利萨留系军官开始策划拥立贝利萨留为帝。但是，事情很快泄露，更糟糕的是查士丁尼很快康复，于是，贝利萨留系的军官再次遭到残酷镇压，贝利萨留的副手都被下狱，折磨至殉道。而且这次的风波影响到了贝利萨留本人，贝利萨留的嫡系军队包括7000亲卫军被打散分配到东方战线各战区，他本人则被召回了拜占庭。在针对贝利萨留的调查结束后，并没有发现什么罪证，在缴纳了巨额罚金之后，贝利萨留被软禁家中。
也就是在这种背景之下，查士丁尼将贝利萨留从软禁中解放，并派往了意大利。而贝利萨留可能是急于洗脱嫌疑，再或者是想要重获信任，又或者是确实急于稳定意大利战局，总之，贝利萨留答应查士丁尼，不需帝国出兵，也不需帝国提供财政支持，仅凭一人一马之力重新平定意大利。
背负千斤重担，贝利萨留带着少量侍卫以及自己的财富回到了老家色雷斯。色雷斯向来是出产勇猛战士的地方，900年前的世界征服者亚历山大大帝的军队中就有一支色雷斯骑兵部队，其战斗力仅次于伙伴骑兵。在色雷斯，贝利萨留招募了总共4000名志愿兵。随后便采买了足够的粮草，率舰队绕巴尔干半岛，进入亚得里亚海，登陆拉文纳。此时的拉文纳尚在拜占庭军队控制之下。
贝利萨留到达了拉文纳之后却发现，局势的恶劣已经超出了他的预期。在他抵达拉文纳之前，托提拉已经占领了拉文纳以南的皮森努姆以及托斯卡纳地区，并且控制了弗拉米尼亚大道，完全切断了贝利萨留军队南下的通道。而此时，托提拉的兵力已经由1000人发展到了50000人，以贝利萨留单薄的兵力想要强行南下已经是不可能了。与此同时，托提拉也加紧了进攻罗马城的步伐。
公元546年，托提拉兵临罗马城下，而贝利萨留的部队也从海路抵达了罗马外海。为预防贝利萨留的救援，托提拉在台伯河的罗马下游段搭建了木桥并在桥下设置了拦河铁索，随后在木桥两端各建一座高大木塔以阻止贝利萨留的船队上行。贝利萨留派细作通知了罗马城的守军，要求守军在约定时间发起反击，里应外合之下，力求一战而破哥特军。贝利萨留针对托提拉的防御设施做了精细安排，以两艘装满燃烧物的大船为首，沿两岸逆流而上，接近台伯河两台的木塔时，同时点燃，然后直撞上去，烧毁木塔与木桥，随后再从两岸解开拦河铁索，最后主力船队沿河上行，攻击围攻罗马城的哥特军队。
战斗开始的很顺利，贝利萨留乘快艇亲自导航，火船烧毁了台伯河上的木桥和两岸的木塔，紧随其后的船队全歼了哥特守军也顺利摘掉了拦河铁索。然而就在船队沿河向上推进时，贝利萨留后方传来了噩耗。
贝利萨留的这次行动是冒着很大风险的。由于托提拉已经占领了那波利(即今天的那不勒斯)，而且打造了一支比较有规模的舰队，以拿波利为中心四处逡巡，因此这时的拜占庭军队已经不再像第一次哥特战争时那样在海上往来自如。而且在罗马城四周并没有贝利萨留可以依托的城镇堡垒，仅有的立足点便是刚刚占领的港口。为保后路不失，贝利萨留派500人防卫罗马港口。然而，就在贝利萨留大军向前推进的时候，罗马港的守将抢功心切，擅自带领100名骑兵进攻了邻近的哥特人大营。拜占庭骑兵的攻击一如既往的犀利，哥特人很快便溃不成军。但是，罗马军毕竟兵少，醒过神来的哥特人很快便重组阵形将拜占庭军驱散扑杀。
闻听噩耗，贝利萨留不由得怒发冲冠。说起来，贝利萨留被部下坑也不是第一次了，本来他带的部队除去7000亲卫之外，其他的部队多是杂兵，既有帝国正规军，又有蛮族雇佣军以及各种临时征募的民兵，质量上参差不齐，战时违抗军令的事情多有发生，但每每贝利萨留都能临机决断化险为夷甚至转败为胜，但这次不同，后路一旦被抄整支军队立刻便会陷于绝地，更何况，贝利萨留的妻子还在后军中。无奈之下，贝利萨留只得回军救援港口。这一次的解围无功而返。事后，贝利萨留大病一场。
此时的罗马城，经过一年的围困，也已经到了强弩之末。拜占庭将军贝撒斯长期以来凭借将军的威势，以保证军粮为借口，将城中本已不多的粮食强行集中起来，然后再高价出售给城中市民，几年下来，罗马市民早已怨声载道，普通士兵也经常遭受盘剥。贝利萨留的解围行动失败后，短期内无力组织第二次进攻;而罗马市民包括底层士兵在贝萨斯的残酷压榨下也已经忍耐到了极点。公元546年12月17日，四名士兵在沟通了城外的托提拉之后，趁夜打开城门，罗马城陷。
托提拉并没有打算长期驻守罗马城，在拆除了大部分城防之后便撤离了罗马。547年春天，贝利萨留重新入驻了被弃守的罗马城，不知百战名将此时心中是何种滋味啊。托提拉当时放弃罗马城估计打的算盘就是将贝利萨留困在罗马城中予以歼灭的算盘。贝利萨留刚进城时间不长，托提拉又率大军卷土重来再围罗马城。但贝利萨留也不是第一次防守罗马城了，维提吉斯没做成的事，托提拉也没做到，经过几次攻城，托提拉损兵折将之下悻悻而退。但贝利萨留的好运也就到此为止了。
以罗马城为基地，贝利萨留与托提拉展开了惨烈的拉锯战。但由于托提拉此时大势已成，控制了意大利中部南部大部分地区，罗马军被分隔在多个区域很难形成联合作战的局面，尤其是拜占庭的援兵迟迟不到，而意大利本地的罗马军队由于长期拖欠军饷已经心怀怨懑，要驱使他们作战实在是贝利萨留力所不能及的。就这样，又经过一年的努力，贝利萨留始终无法打开局面，反而是托提拉趁机又占领了几个由罗马军控制的城市，从而控制了除罗马城周边以外的整个西意大利，局势愈发糜烂下去。
此时，在君士坦丁堡的查士丁尼也意识到贝利萨留的能力已经被压榨到了极点，而出于对他的忌惮又不能把大量援军派到意大利。终于，查士丁尼的耐心也到了极点。公元548年，查士丁尼将贝利萨留召回拜占庭。一代名将于是败走意大利。
第二次哥特战争，是贝利萨留主持的最后一次大的战争，此次铩羽而归，贝利萨留便几乎一蹶不振，但英雄的传说却还未结束。关于名将贝利萨留最后一战，我们有机会再讲。
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