山本五十六的死实际上对日本海军来说不算是个坏消息。因为事实上，山本五十六并不是一个合格的联合舰队军官。这个人其实是一个没有任何实战经验，长期坐办公室的上班族。而且山本五十六思维僵化，非常的呆板，对于护航、防空、无线电、潜艇是完全不感兴趣的。
山本五十六对战列舰也了解不够，轻视对运输船护航的需要，极度看不上飞行员的体能极限。例如，日本陆军甚至比日本海军更早使用雷达。日本陆军有一个更大的总部情报机构和无线电组织。日军经常搞无线电欺诈，但山本五十六是一问三不知。即便是自己的密码已经被证实不可靠了，有可能被美军破译了也是无动于衷的。
山本每天都在军舰上，总部直接设置在军舰上，导致指挥机构很小，很多事情根本无法处理到位。在索罗门群岛，山本直接将所有日本海航飞行员送了干净，数千名海航飞行员在战斗中沦为炮灰。主要原因之一是零式战机的航程太长。山本一直很喜欢让飞行员进行超远距离攻击。结果当飞机到达目的地时，飞行员的体力已经达到了身体极限，战斗力急剧下降，结果就是被美军飞机像打鸟一样一顿吊打。
在返程的过程当中，由于是极限航程，所以返程的非战斗损失非常大。只要飞机受伤，那基本就是不可能飞回去了，葬生大海就是最后结局。因此，山本五十六在索罗门群岛的空战，将日本海航飞行员、陆航多年积累下的数千名精英飞行员几乎都葬送在了海里。
中途岛战役也是如此。山本不太重视航母舰队的防空力量。航母单独突进，缺乏战列舰的防空掩护。在护航的过程中，也没有派出几艘军舰去护航运输船。即使军舰在港口，也只派了极少数军舰到瓜达尔卡纳尔岛等地与美军主力进行作战，以少打多，结局就是打得一败涂地。
在中途岛失败是山本的责任，直到丰田副武成为指挥官，日本海军才算是变得正常起来。然而，大部分资金和军力已经被山本五十六作的消耗殆尽，失去的陆海军飞行员再也无法弥补。