在忽必烈建立元朝之后，为了实现个人的野心和愿望，也为了使得蒙元帝国的权威，并且同时打击南宋，先后两次派遣使者去日本，要求日本对元臣服。不过日本拒绝了，遭到拒绝后，1274年和1281年， 元世祖忽必烈派遣大军两次攻打日本，在日本历史上，被称为“文永之役”和“弘安之役”。
忽必烈派遣的军队规模很大，第一次有四万多人，第二次更是派出十四万人左右的大军，声势惊人。战争结果却没有遂他心愿，日本抵抗坚决，加上有台风助阵，元军两次都遭遇失败，损失大部分兵力，只有少量残兵败将逃回。失败归失败，军事上遭遇挫折的忽必烈不会意识到，日本的历史走向还是被他发动的这两次战争所改变了。
12世纪的日本，正处于镰仓幕府统治下，镰仓幕府由源赖朝在1192年建立，此时已统治80余年。镰仓幕府也开创了日本历史上的幕府时期，被奉若神明的天皇成了傀儡，传统贵族失去了权力，幕府将军成为日本的实际统治者，很快幕府将军也被架空，实际权力掌握在执权手中，当时镰仓幕府的执权是第八任执权北条时宗。
幕府制度之所以能创立，背后的原因就是武士们要为自己争取利益。在幕府制度创立之前，日本由贵族进行统治，土地和税收都掌握在贵族公卿手里，武士们地位极低。他们平时要辛苦种地，战时还要被派出去打仗，既要卖力又要卖命还得不到任何好处，当然就非常不满。
于是武士们拥戴源氏贵族源赖朝与掌握大权的平氏贵族进行争夺，这一系列战争就是日本历史上的“源平合战”,最后结果是平氏覆亡，源氏掌权。1192年源赖朝出任征夷大将军，幕府设立在镰仓，幕府制度从此开创。
从源平合战到幕府设立，也就是武士集团为自己争取地位并最后成功的一个过程，从此武士家族们的利益就得到确保，武士阶层开始登上前台。
幕府制度的统治基础是御家人制度，幕府将军称为“御”，效力于将军、大名的武士被称为家人，幕府将军统治下的武士，就被称为“御家人”，当然元军攻日时幕府的权力掌握在执权手中，但称呼是一样的。
御家人和将军的关系实际就是家臣和主人的关系了。将军赐给御家人领地、代他们向天皇申请官职——当然天皇得听将军的，将军又得听执权的，实际也就是执权本人的意思。御家人则担负平时的治安维护，并要上交赋税，战时这些御家人就要组织人马出战，组成幕府军队。
镰仓幕府统治日本，御家人制度就是它的基础，这种制度讲究的是“忠”和“信”，御家人服从幕府领导，将军则要保证御家人的家族世袭利益，遇有战事，还要根据战功进行封赏。
日本是个岛国，在之前没有遭受过什么大规模外敌入侵，这样的制度在以前执行起来并没有太大的问题，如果讨伐的是国内的势力，获胜后总能得到新的领地或是财富，将军和御家人各取所需，彼此合作愉快。
到了忽必烈征日后，情况就变了。这场战争是日本历史上第一次大规模遭受外敌入侵，虽然最后获胜了，但也带来了新的问题——将军拿什么赏给御家人?
战争都在日本本土展开，领地自然是不可能有的，除了抓到了一些俘虏，缴获一些军事物资，日本军队别无所获，反而投入很大还遭受了损失。
对幕府执权来说，战损的御家人要抚恤，立功的御家人要封赏，在没有战争所得之下，执权只有一个办法，就是自己掏腰包来解决。对于执权来说，钱袋子既没有这么厚，心里也是万分不情愿，所以这事就比较尴尬。这其实是个死循环，制度创立时并没有考虑到对外作战这种情况，按照以往制度走是行不通的，这个问题因此长久拖而未决。
对于御家人来说，为将军作战需要自己准备兵器盔甲粮食等，在经济上负担已经挺沉重，在战争中受到伤亡的御家人更加是无法负担，这些都指望着战后得到的赏赐来弥补，从敌人那边得不到战利品，幕府将军又不像之前那样进行封赏，受到损失的御家人自然忿忿不平。
转化到行动上，执权拿不出实实在在的封赏，御家人也有自己的办法补偿自己的利益。比如拒绝交税，比如把损失转嫁到自己领地里农民的头上，更有甚者，直接侵占公有的或是其他家的领地。
原本牢固的御家人制度，自从元军征日之后，这种统治的基础就出现了松动，在幕府、武士、农民之间稳定的关系被破坏。
元军征日时，镰仓幕府的执权是北条时宗，他在日本历史上被称为爱国英雄 ，击败元军正是他的主要功绩。但同时，他也借着蒙古来袭的机会大肆派出北条氏宗亲前往各地担任守护，到镰仓末期，北条氏在全国守护中所占比例已达到一半。
北条氏家族除了掌管幕府，还开始兼任起其他国的守护，控制地方政权，独裁的势头越来越明显，原本进行政务评议的“十三人合议制”已经名存实亡，这被称为“得宗专制”。
弘安七年(1284)，北条时宗去世，他在世时并没有能解决好战后如何对御家人论功行赏的问题，这时北条家独裁势头也愈发明显，这就遗留下了两个难题，都是起自蒙古来袭。
得宗专制依靠的是家族势力，也就是御家人中的“御内人”，与之对应的是外样御家人，在北条时宗去世，北条贞时接任后，御内人和外样御家人的代表分别是平赖纲和安达泰盛。
安达泰盛等无法坐视自己的利益被剥夺，于是主张推行一系列改善和保障御家人生活的改革，同时反对御内人干涉朝政，也就是反对北条氏的独裁，这被称为“弘安德政”。
“弘安德政”自然无法被北条氏和御内人接受，在1285年11月，御内人平赖纲发兵突袭安达氏，镇压了安达一族和许多参与骚动的御家人，是为“雾月骚乱”。
骚动虽然被镇压下去，问题却并没有得到根本解决，御家人对幕府的不满还在增长，隐患并没有消除。这起事件也被看为是御家人制度走向崩溃的起点。
安达泰盛是北条时宗的岳父，也就是外戚，御内人和外样御家人的争斗，说到底还是幕府内部之间权力的争夺。在他们争斗之外，别忘了还有第三方的力量，也就是贵族力量。
贵族虽然被架空，却也无时无刻不想着恢复昔日荣光，重振皇威，幕府内部的争斗削弱了自己的力量，御家人不再忠于幕府，对北条氏怨恨越来越深，也就给了敌对力量以可乘之机。
后醍醐天皇在文保二年(1318年)即位，这时抗元后引发的问题还在发酵，影响持续。利用这个局面，后醍醐天皇在正中元年(1324年)和元弘元年(1331年)年策划了两次倒幕行动，历史上称为“正中之变”和“元弘之乱”。
这两次倒幕企图并没有成功，天皇本人也被废黜并流放。天皇虽被流放，却拉开了倒幕的帷幕，给了各地的皇族和贵族以希望，与幕府积怨已深的地方大名也改变了轻视皇室的态度，转而开始联合贵族形成倒幕力量，比如活跃于各地的护良亲王、河内国的楠木正成、播磨国的赤松则村等人，纷纷表示效忠后醍醐天皇。有了倒幕力量支持，后醍醐天皇逃离流放地，在1333年起兵倒幕。
而在幕府这边，本该成为军事支柱的御家人力量现在已分崩离析，外戚代表安达泰盛等已被清洗，许多外样御家人已转变态度，加入了倒幕大军。那么御内人呢，时任执权北条守时派出足利高氏讨伐倒幕军，谁料足利高氏这个御内人的代表也倒向了后醍醐天皇，镰仓幕府在内外打击之下变得不堪一击，当年就迅速灭亡。
这时距离蒙古来袭也不过50多年，究其原因，抗元之后，镰仓幕府赖以维持执政的御家人制度的崩溃是个重要原因。
在战前，组成日本军队的御家人以家族为单位，家族中以嫡长子一族组成单位加入军队，在以往战争规模不大的情况下，这样的编制可以满足需要。但蒙古大军来袭后，只凭嫡长子家族组成军队，在人数上已经无法满足需要，于是把征兵范围扩大，庶子也能从军。
如此一来，原本稳定的军事制度发生了根本变化，意味着御家人可以组织起人数更多的兵力。在对抗元军时，兵力起到了作用，但击败元军后，制度的变化却意味着御家人的实力得到了增强。
此外，蒙古来袭还改变了日本军队的战术。
在以往，日本国内的战争注重的是“一骑讨”，也就是一对一的单挑，这也与家族组成的军事编制有关，这种战斗方式不注重整体的指挥和组织，在战场上经常陷入以家族为单位各自为战的混乱情况中。
相比之下，已经平灭数十个国家的元军在南征北战中早已发展出成熟的军事战术，这是日军落后的战术所无法比拟的。
日本是个善于学习的民族，在对元作战里他们看得很清楚，这种集团式的战法要远远领先于自己传统的单打独斗。战后日本开始学习元军的战法，“一骑讨”的战法逐渐式微，取而代之的是讲究指挥的整体战术，这是日本军事史上重大变革的开始，影响深远。
蒙古来袭虽然没有能攻占日本，却还是给日本造成了极大影响。击败纵横天下的蒙古大军，是源平合战后武士力量的又一次急速膨胀。却因为这是一场对外战争，幕府无法像以往那样对御家人进行恩赏，御家人的“奉公”得不到回报，从根基上破坏了御家人制度，从而又激起了社会各种矛盾的激化，导致的结果使得镰仓幕府迅速灭亡，改变了日本历史的走向。