1644年3月19日夜，在曹化淳的带领下，李自成的大军顺利攻下紫禁城。崇祯帝自知大势已去，亲手逼死了自己的妻子周皇后，砍死女儿昭仁公主以及嫔妃数人，斩断心爱女儿长平公主一只手之后心如死灰。最后和亲随太监王承恩一起走出了紫禁城后来到煤山寿皇亭上吊自尽了。
崇祯皇帝死后两日，李自成大军进驻北京，在得知崇祯皇帝和周皇后皆死后，李自成内心深处还是有那么一丝怜悯之感的，但对于手下反叛者来说，李自成又不能过多地显示自己的悲悯同情，最后也只能给这个一生不幸的年轻皇帝一个简单的葬礼，草草埋葬了事。
事实上，在崇祯自己是走投无路了，可是他还寄希望于自己的几个儿子以及南方还算稳固的南京班子，只要几个儿子中有一个能逃脱，举起复国大旗的话，那至少也能延续大明国祚，最不济做个东晋、南宋偏安政权也可以，所以在崇祯杀人前，就安排心腹锦衣卫，将太子朱慈烺、三子朱慈炯、四子朱慈炤送出宫外。
城破之际，崇祯三子的遭遇也比他的父亲好不了多少，太子朱慈烺被护送至外公周奎家，可是周奎害怕闭门不出，朱慈烺无法进去，随行的太监左右为难，见势不好就把朱慈烺绑了送给李自成，而其余两个兄弟也一样吃了闭门羹，都被送到了李自成的军营之中。
出人意料的是，李自成并没有杀害三人，而是在确定了他们的身份后，将朱慈烺封为宋王、朱慈炯为定安公、赦免了他们的罪名，并想着靠他们的身份，为自己建立稳固的政权，彰显大顺朝的正统性，可惜随之而来的山海关之战，吴三桂联合清兵彻底击破了李自成这一梦想，而在此战中，三皇子被李自成胁迫一起出征，战败后三人皆下落不明了。
也就是因为这样，南明陷入了内乱，导致了没有在短时间内建立起一个有号召性的政权，坐视清廷壮大，此后的弘光、隆武、永历、绍武、鲁王等多达十余个政权也是各据一方，互相指责，内耗不断。至于三王的下落，也是众说纷纭，没办法完全确定。
太子朱慈烺：在山海关战败后被吴三桂俘获，在押解回北京的途中失踪，考虑到吴三桂对永历皇帝的狠毒，朱慈烺如果真的落在他手里的话，那绝对是十死无生了，而由朱慈烺的失踪，也引出了南明弘光三大案之一的太子案。
福王朱由崧在南京建立弘光政权后，一日突然听闻到在杭州一带出现一个名叫王之明的少年，此少年衣冠华丽，自称为皇太子朱慈烺，弘光皇帝十分害怕，于是命令内官将其召入南京审问，经过多名伺候过、见过太子的大明官员指认后，确定此人并不是真实的太子朱慈烺，最多就是个相貌相似的骗子而已。
但是当时弘光皇帝的政敌却群起攻之，认为这就是真太子朱慈烺，并要求弘光皇帝归还皇位，无奈之下弘光只能拖延审判结果，所以王之明的身份一直也是扑朔迷离，直到弘光政权覆灭，这真假太子案也没能定出个所以然。
而几乎就在弘光太子案发生的同时，清廷也收到了一个疑似朱慈烺的案子，和弘光太子剧情类似，但却有着长平公主这个有力证人的口供，确定此人就是太子朱慈烺，可是清廷入关未久，地位不稳，自然不可能同意此人的身份，于是坚称此人身份为伪造，将其处死了。
定王朱慈炯：传说中的朱三太子，此人在山海关之战后一样下落不明，也再也没出现在世人面前，其结局不像兄弟朱慈烺、朱慈炤那样可以确定，所以当时民间不少反清势力，开始以朱三太子的名号起义，其中主要的有康熙十二年的杨起隆、康熙十六年的蔡寅、康熙六十年的台湾朱一贵等等，时间跨度之大，也足以证明“朱三太子”的号召力了。
永王朱慈炤：山海关战败后与兄弟失散，被李自成手下一名毛姓将领救出，两人先是逃到了河南，后毛姓将领独自逃难，朱慈炤只身来到祖先朱元璋老家安徽凤阳，被当地一户姓王的乡绅收养，改名为王士元，之后流落江南，做过乞丐也做过和尚，后被胡姓乡绅招赘为婿，对外自称余杭王士元，以教书为生。
在民间生活了数十年，朱慈炤有了妻妾子女，一大家子其乐融融，可是“朱三太子”们四处作乱，让康熙皇帝头痛不已，下令各地官员暗查旧明皇子的下落，而王士元隐姓埋名的结果，也未能逃过清廷的收捕，这主要在于朱慈炤自己还是摆脱不了天潢贵胄的身份，他给子孙们起名还是按照老朱家那一套来，让本来就在暗地里虎视眈眈的清朝官员们起了疑心。
在他七十五岁那一年，清兵将其全家人逮捕进京，为了彻底平息“朱三太子”的气焰，清廷将朱慈炤硬说成是崇祯皇帝已故的第五子朱慈焕，将朱慈炤父子六人说为假冒旧明宗室之罪，朱慈炤被凌迟处死，五子全部斩首，而其妻妾也于家中自尽身亡。