晋朝之后，就是一个混乱的南北朝，不过实际上晋朝也安定不到哪去。而晋朝的覆灭，是毁在刘宋的开国皇帝刘裕的手里的。而刘裕面对之前的司马家族，采取的政策就是杀，不单单是司马懿的后代，甚至天下所有姓司马的人，都被刘裕盯上了，都不肯放过他们，以至于他们无辜躺枪，不得不出逃。那为什么刘裕对于司马家有这样大的仇恨呢?
在中国封建历史上有一句俗话说得非常好，这句话叫做分久必合合久必分，一个朝代的崛起那就意味着另一个朝代的没落。而在朝代更替的过程当中，难免就会出现人头滚滚血流成河的场景。而且这里面，对于末代君王来说，可以说是世界末日一般了。不过那时候我们中国人深受儒家思想的影响，因此对于末代皇帝一般也都会给他们一线生机，哪怕就是当家畜一样圈养起来，也很少对他们下毒手的，就算是下毒手，一般也是对当事者下手旁人不问，以显示自己的仁慈。
当然了，也不是没有例外的，这个例外导致了上一个朝代的王族全部被赶尽杀绝，甚至只要跟这个家族沾点边的，那也是一律格杀无论，成为了中国历史上唯一被灭绝的皇族。而这里面拿刀的就是刘宋开国皇帝刘裕，而被当做案板肉的皇族就是司马一族。那么这里就产生了一个疑问，司马懿后代被刘裕灭族是原因到底是什么?究竟是多大的仇恨让刘裕一定要灭绝司马氏这支皇族呢?要知道就算是清朝代明这样杀戮严苛的朝代，朱家皇族也是留有后人的。刘裕是不是和司马一家有什么深仇大恨呢?
这点要从刘裕灭司马一族说起，刘裕本来是隶属于司马东晋的将领，东晋末年，平民出身的刘裕掌握利用东晋朝廷自相残杀政权夺利的机会掌握了北府兵，当他北伐到了黄河边上和北魏对峙的当口，刘裕突然转头回京并取代了东晋皇帝，然后对司马氏开展了大规模屠杀，司马全族被杀绝，成为古代史上唯一被灭族的皇族。晋朝灭亡后，刘裕建立了南朝的刘宋政权，从此中国历史进入了南北朝。从这里可以看出，刘裕想灭绝司马一族这个想法可不是一天两天了。
刘裕之所以要把司马一族杀光，其实道理很简单。首先一点，那就是上辈子的恩怨。汉献帝被曹丕逼迫退位之后，刘备就扛起了汉室宗亲的大旗，但遗憾的是在刘备去世刘禅上位之后，却又被司马氏给击灭。汉室就此灭亡。这种灭国之恨一直笼罩在汉室后裔的脑瓜子里，而刘裕一直以汉室宗亲后裔自居，因此刘裕杀司马一族这里面有泄寺恨的嫌疑，而且这样一来，他也安抚了汉室残余势力的情绪，以此获得刘氏势力和百姓的支持。
其次，刘裕是平民出身，属于政治爆发户，在讲究出身讲究门阀的时代就显得根基太浅太薄弱，因此诛杀司马氏有靠复辟赢得基础的本意，再加上刘裕的地位其实也不很稳固，当时的士族虽然表面表示了顺从，但心里面并不是真心拥戴刘裕，他们只是慑于刘裕的实力和威望上。面对满朝的士族门阀，刘裕心理肯定会有一点自卑。
因此刘裕很担心自己如果哪天死后，没人震慑了的门阀会借机发难，拥戴司马皇族复辟。因为这样的教训在前朝太深刻了，所以灭掉司马族，就是一种政治正确性，也是一种必要了。
刘裕建宋后，大肆屠戮司马家，不光是司马懿的后人，所有姓司马的都难逃一劫，逼的南朝部分司马氏不得不放弃相对安定的环境举族北迁，甚至还有远逃海外的。刘裕为什么要这么做呢?
刘裕杀光司马家，最大的原因还是巩固统治。司马家先祖司马懿和他的两个儿子可是如雷贯耳，刘裕虽然代晋建国，但是谁又能保证司马家的后人会不会出一两个堪比先祖的人物?
而且刘裕称帝时已经五十七岁了，古代年近花甲的人又能活多久?但是他长子刘义符也才十四岁。继承者年幼，自己又快不行了，刘裕为了能让儿子接手一个稳定的国家，不惜对东晋皇室斩草除根。
另外也有为祖先报仇的因素在里面，三国时期司马懿的后人首先灭亡蜀汉政权，汉朝的国祚从此断绝。刘裕是汉朝宗室后裔，对此也是耿耿于怀的了，对司马懿的后人下手也在情理之中的。
其实刘裕并没有马上杀害晋恭帝，但是随着年龄的增长，越发感觉自己的时间不多了。而自己的儿子宋文帝刘义隆只有14岁，担心自己死后，儿子不能掌握政权，被东晋的后裔反攻倒算，可能死无葬身之地，于是下决心杀死已经被废为零陵王的晋恭帝。421年，刘裕指使手下人毒杀晋恭帝，这个司马德文不想喝毒药，怕死后不能转世，士兵们只好用被子闷死了他。这也够奇葩的了。
消灭了废帝后，刘裕仍然不放心，对司马氏皇室家族开始下手屠杀了。刘裕起家于北府军，他的部下大都是寒门出身，被“门阀士族”压迫已久。既然对司马氏已经下手，为了自身以后的安危，他们积极行动起来，凡是姓司马的都杀，永绝后患。一时间刘宋的国土上司马氏尸横遍野，江南和中原地区的司马氏纷纷逃跑，脱离刘宋的控制区域。