蒙恬最终的结局也是非常悲惨的，蒙家时代为秦国效力，结果秦始皇死后，赵高篡改遗诏，赐死了原本的继承人扶苏不说，还害死了蒙恬，然而蒙恬死之前，手中还握有北方边境三十万大军，那么在他死后，这批军队又去了什么地方呢?接下来三十万大军是由谁来掌管的，这批军队后来又怎么样了呢?
血染巨鹿。秦始皇沙丘病逝后，赵高、李斯伪造了诏书，先后诛杀了公子扶苏和大将蒙恬。同时也对三十万北部军的统属做了安排，即“以兵属王离”。在蒙恬死后，副将王离成为了秦北部军的最高统帅。陈胜吴广起义爆发后，陈胜部将周文所率数十万大军仅数月间就攻破函谷关逼近咸阳，在秦中央军(中尉军)的阻击下，周文军被挡在了临潼。但中央军兵力有限，又担守卫咸阳之责，无法彻底消灭周文大军。
军情紧迫，征调咸阳近郊县兵已经来不及，九原郡的三十万边军也是远水不解近渴。少府章邯从骊山刑徒中选出二十万人，赦免罪过，发放武器，并迅速出关平叛。虽然章邯连战连捷，先后平定了陈胜、项梁，但彼时六国纷纷复辟，章邯孤军奋战顾此失彼。于是在关中局势稳定后，二世朝廷正式调动北部军南下。不过，随王离南下平叛的是二十万秦军。也就是说仍有十万秦军驻守在北部一线。这主要还是为了防御匈奴骑兵，毕竟秦军可以由直道北上九原阻击匈奴，匈奴骑兵同样也可以趁中原内乱，沿直道南下关中劫掠。
二十万秦北部军在王离、涉间、苏角的统帅下，迅速包围巨鹿，取代章邯军成为平叛主力。不过巨鹿城湖泽环绕，地非常势险要，对于擅长野战的北部军来说，攻城困难极大。闪电战变成了消耗战。
为保证这二十万北部军的粮草供应，章邯把守今河南荥阳，从敖仓至巨鹿筑起甬道。章邯认为，只要守住河内郡，依靠敖仓的粮草储备和北部军的强大战力，秦王朝仍有机会扭转局面。可惜，甬道绵长，沿途驻守导致了兵力的分散。这一致命弱点被楚军发现，在项羽率领下楚军集中兵力猛攻秦军一处甬道，致使围困巨鹿的二十万北部军粮草断绝。
经数次大战，北部军统帅王离被俘，苏角被杀，涉间自焚而死。巨鹿之战，北部军究竟损失多少兵力我们不得而知，但从主帅和几位主将的结果来看，北部军显然是遭遇重创。不过，大量溃败的北部军并未四散逃亡，而是重新聚拢在章邯旗下。北部军战败六个月后，章邯向项羽投降。章邯降时，兵力仍有二十万之众，这二十万人已不是完全意义上的刑徒军了，而是经数次大败和重新集结后，补充了很多的北部军溃兵。这一点，我们从诸侯对待秦降兵的态度上窥见一二。
史书记载“诸侯吏卒异时故徭使屯戍过秦中，秦中吏卒遇之多无状。及秦军降诸侯，诸侯吏卒乘胜多奴虏使之，轻折辱秦吏卒。”也就是说，诸侯军士兵过去服徭役驻守边塞时曾受到过秦军的虐待，如今秦军投降，诸侯军自然趁机报复和虐待秦军。显然，章邯投降时所属的二十万秦军已经不是纯粹的刑徒军，而是有大量北部边军在内的。项羽为防止这部分秦军倒戈，在河南新安将二十万秦军全部坑杀。至此，秦北部军主力彻底覆灭。
戍边!戍边!前文已述，秦北部边防军共计有三十万兵力，除二十万先期随王离南下巨鹿外，尚有十万兵力在北部防御匈奴。但直到秦朝灭亡，也未见朝廷调动这支生力军南下保卫咸阳。如果说秦二世是因为赵高“蟊贼论”而不知真实情况，没有及时调动剩余的北部军南下入卫咸阳的话，那诛杀赵高的秦王子婴为何也没有调动这部分军力呢?刘邦取道武关进入关中，是由南向北的进军路线，此时项羽还远在新安，做了46天秦王的子婴，如果有调兵意向的话，北部军余部是有足够的时间沿直道迅速南下的。
显然，与这十万野战能力极强的边防军对垒，兵力仅数万的刘邦军，是没有必胜的把握的。那么，为什么帝国危难之际，北部军余部没有南下呢?答案是北部军此时正在抗击匈奴。蒙恬收复河套地区后，为了防御匈奴，连接燕赵长城，并长期在此戍守。正是慑于秦军强大，匈奴远遁。不过，河套自古就是肥美的草原，匈奴人是不可能轻易放弃的。
据《史记》记载：“蒙恬死，诸侯叛秦……匈奴得宽，后稍渡河南”。也就是说，秦朝内乱后，北部军主力被抽调南下巨鹿，而匈奴人则趁此机会突破长城夺回了河套地区。秦北部军余部兵力不足，被匈奴所击败。河套再次落入匈奴之手。秦北部军的败亡，致使长城防线直接暴露给匈奴骑兵，对华夏造成了极为深远的影响。自此匈奴骑兵时常南下劫掠，直接威胁到咸阳和长安。
刘邦完成统一后，也有意驱逐匈奴，重建北部防线，可惜平城(山西大同)一战，刘邦战败，此后长达数十年，汉王朝不得不采用和亲的政策养精蓄锐。直到公元前129年，汉武帝再次发动北伐战争，历时近十年，以海内耗费过半的代价，才重新夺回了河套，重建北部边防。
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