明教出现最多的地方，恐怕还是《倚天屠龙记》了，张无忌在书中是明教第三十四代教主，但其实历史上也是真的有一个明教的。历史上的明教传入中国的时间还是比较久远的，但是任何一个宗教传入中国，其实都是会进行一些本土化的变化的。据说，北宋末年的方腊起义中，方腊其实就是明教的一任教主，那么方腊是第几任教主，他又是怎么成为教主的呢?
明教的创教者摩尼生于公元216年，242年在巴比伦传教，277年被钉死在十字架。他的目标是要建立一个世界性的宗教，超越一切的宗教传统。摩尼声称自己是佛祖、琐罗亚斯德和耶稣的继承者，也是最后一位先知。摩尼说：“智慧和神迹不断的被神的使者传给人类。因此曾经使者是来自印度的佛祖，在另一个时代则是来自波斯的琐罗亚斯德;再一个时代则是以色列拿撒勒的耶稣。启示再次降临，在这个最后时代的预言则通过我，摩尼，来自巴比伦的真主的使者。”摩尼教受到琐罗亚斯德教和基督教、佛教的影响，其教义在诺斯底主义的影响下主张灵魂从肉体上彻底解脱，因而强调禁欲、食素。同时也包括了佛教的转世说和叙利亚的天使说。另外则反对犹太教，把犹太教视为黑暗神的创造物。
明教起初在巴比伦传教，在波斯萨珊王朝信任下在波斯传教，但在巴赫兰一世以后，因与祆教矛盾，被迫出亡。有些抵达罗马帝国，但罗马人有古老的国教，崇拜奥林匹斯诸神，因此在罗马也是不合法宗教。皇帝戴克里先在296年下令烧死出家修士与烧毁书籍，在家信徒也被斩首，只有到达河中后摩尼教才可以立足。
神学思想上认为光与暗，善与恶，永远是敌对与竞争。譬如说：上帝是良善的，那么缺乏良善的就是罪恶;正如黑暗是因为缺乏光明。它讲心灵与物质的关系，还有得救方面的论述，有些与诺斯底主义很接近。
基督教神学家奥古斯丁最初也加入这教派，前后长达九年的“摩尼教徒”。后来奥古斯丁争脱而反驳摩尼教。
明教(英语Manicheism)，为三世纪时波斯人摩尼(Manes)揉合古代波斯的祆教及基督教、佛教思想而成立之宗教。其教义以琐罗亚斯德教之善、恶二元论为基础，将一切现象归纳为善与恶，善为光明，恶为黑暗，而光明必会战胜黑暗，人类若依宗教之真理与神之志向，终必走向光明、极乐之世界;而无始以来明暗相交，恶魔恒于暗界，纷扰不息，致今之世界依然善恶混淆，故人当努力向善，以造成光明世界。此教因之又有明教之称。摩尼教之神具有爱、信、诚、敬、智、顺、识、觉、秘、察等十德。信徒之修养功夫以禁欲守默为主，素食、斋戒、祈祷(一天四次)为日常功课。其简明直接性，颇受当时人欢迎，故能传播于中亚、罗马帝国(四世纪顷)、印度、中国等地，至十三世纪仍极为兴盛。
摩尼教约于六至七世纪传入我国新疆地区，复由新疆传入漠北之回纥，而盛行于该地。唐代宗大历三年(768)，应回纥之请，于江淮等地建立摩尼寺。唐武宗会昌五年(845)灭佛时，摩尼教亦遭严重打击，转而成为秘密宗教，并吸收道教及民间信仰，从而改称明教。明教因相信黑暗就要过去，光明即将来临，故敢于造反，屡有反政府之举。自北宋末年起，浙江、江西、安徽等地，皆曾发生明教造反之事。其后明教又与弥勒教、白莲社相结合，而演变成明代末年之白莲教。明教一词至清代虽已不复见于文献，但“明王”出世之说，犹流传于民间(佛祖统纪卷三十九、柳子厚集卷二十八)。
方腊是第八代教主。
摩尼教从东汉末年就传入了中土，但是一直影响不大，直到大唐武则天时期才有了转机。武则天为了登基上位，就让宠臣兼姘头冯小宝造舆论，冯小宝也是能人，居然找到了摩尼教在中土的代言人，这位代言人把明尊转世弥勒再生的教义跟冯小宝一说，冯小宝很高兴，汇报了武则天，武则天说，这家伙级别不够啊，找个差不多的人来。
第二年，摩尼教波斯总教教主带着左右光明使者亲自来到中土，进了皇宫忽悠武则天，武则天安排了佛道大佬跟摩尼教教主展开辩论，结果明教完胜。于是武则天赐摩尼教教主和冯小宝等人紫衣，允许他们在中土传教。没多久总教教主回去了，留下几个法王帮助中土建立摩尼教，冯小宝成为第一任教主，全国广建大明寺。
在冯小宝的鼓吹下，武则天顺利上位。后来武则天冷落了冯小宝，冯小宝怒了，一把火把明堂烧了。武则天就把冯小宝杀掉了。
冯小宝到方腊有六百多年，但是只有八代教主，这很显然是不正常的。正常解释应该是，这六百多年间摩尼教遭到极大破坏，式微的很，一直没有发展起来，所以也就没啥教主可言了。
其实早在方腊，中国就有人利用明教起事。
第一个著名的就是女帝陈硕真，当时在睦州(今淳安的六甲岭上搁船尖)利用秘密宗教起义，其实就是利用摩尼教号称“羽化登仙”揭竿起义，失败后留下“天子基”(十门九不锁)与“万年楼”(万年螺)神秘遗迹。
北宋太平兴国间(980)撰写的《僧史略》把五代梁贞明六年(920)陈州毋乙叛乱以及五代后唐、石晋(923-946)时的相关叛乱都归罪于明教，认为都是利用明教来起事。
元朝，摩尼教、弥勒教、白莲教等民间教派迅速发展，互相融合，最后酿成红巾军起义。起义军公开以“弥勒降生，明王出世”的谶语箴言为口号，自称魔兵，透露出摩尼教对红巾军的深刻影响。此时的摩尼教(明教)则进一步通俗化、世俗化，并与弥勒、白莲两教相融合，甚至合为一体。
方腊之后，宋朝统治者大为震惊，严厉镇压各种宗教结社，重立禁约，明教也跟着受到牵连。被毁拆其斋堂，惩办为首之人，悬赏奖励告发。
明太祖洪武(1368-1398)初曾下诏并立法禁止各种异端信仰，其中包括牟尼明尊教(即摩尼教)。一切与明教有牵连的事物也都下令更改。明教只得以更隐蔽、更秘密的形式开展活动。到了清代，许多民间教派，仍或多或少地受到摩尼教的影响。但史料已不见记载。
所以，中国历史上并没有人自称明教教主，要怪只怪金庸先生的《倚天屠龙记》太深入人心，营造出张无忌这个虚拟人物，又硬生生给方腊安排了明教教主一职。