公元1368年，朱元璋攻克元大都，元顺帝逃亡回了漠北草原。游牧经济无法支撑起忽必烈仿照中原汉制的大一统帝国，同时蒙古贵族对于黄金家族的离心倾向也是不断增长。1388年四月明将蓝玉在捕鱼儿海(今贝尔湖)之战中俘获蒙古嫔妃公主一百二十三人、官员三千余、人口七万七千多、马驼牛羊十五万多头以及大量印章、图书、兵器、车辆。
捕鱼儿海之战的失败使黄金家族在蒙古贵族们面前彻底颜面尽失，很快蒙古各部逐渐宣布脱离黄金家族的大元政权而独立，蒙古草原重新回到了成吉思汗统一之前的诸部割据状态。在蒙古各部的割据混战过程中各部落形成了错综复杂的联盟体系：先是形成了鞑靼和瓦剌两股主要势力，到了明末清初蒙古草原各部大体形成漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古、漠西卫拉特蒙古三部分。
主要生活在如今我国内蒙古自治区的蒙古部族称为漠南蒙古，生活在新疆天山以北地区的蒙古族称为漠西卫拉特蒙古，而生活在如今蒙古国境内的蒙古族则称为漠北喀尔喀蒙古。这其中漠西卫拉特蒙古主要是由准噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特四大部落和一些小部落共同组成。长期以来和硕特部始终作为卫拉特联盟的盟主存在，然而进入17世纪以后准噶尔部在首领哈喇忽剌的领导下日渐强盛起来。
明清易代之时漠西卫拉特蒙古内部也正发生剧烈的变化：日渐强大起来的准噶尔部向西压迫土尔扈特部，从而迫使其迁徙到了伏尔加河下游，又向东夺取了杜尔伯特部的领地。1634年准噶尔部的首领哈喇忽剌去世，其子巴图尔珲台吉继任首领。巴图尔珲台吉是准噶尔部历史上承前启后的一代雄主：继位当年他就出动两千余人攻击在亚梅什湖开发盐业的俄国人并主动进攻秋明要塞。
1638年巴图尔珲台吉在博克塞里(今博克赛尔蒙古自治县)建成自己的城;1640年巴图尔珲台吉制定了《喀尔喀—卫拉特法典》;1648年巴图尔珲台吉授命喇嘛咱雅班第达将过去的蒙文改造而制定成“托沁”文字，作为准噶尔的统一文字。巴图尔珲台吉尽管身为准噶尔部历史上的一代雄主，但这时的他毕竟只是漠西卫拉特蒙古的部族之一，此时的准噶尔部面对长期作为卫拉特盟主的和硕特部仍处于相对弱势的地位。
巴图尔珲台吉继位十年之后闯王李自成的军队攻破北京，崇祯皇帝自缢煤山，接着山海关总兵吴三桂引清军入关剿灭农民起义军和南明势力。巴图尔珲台吉面对新兴的大清帝国不得不极为明智地选择向清朝显示自己的恭顺姿态：顺治三年(1646)包括准噶尔在内的卫拉特各部首领二十二人联名奉表贡，清廷赐以甲胄弓矢，命其统辖诸部。1653年巴图尔珲台吉去世，第五子僧格继任准噶尔部首领。
然而僧格的兄弟们却并不服从于他，此后僧格和自己的兄弟们展开了长达十余年的内战才将反对势力暂时平息下去。然而到了1671年僧格的两个哥哥——车臣和卓特巴巴图尔暗杀了僧格。巴图尔珲台吉的夫人尤姆阿噶斯哈敦派人前往西藏劝正在西藏跟随五世达赖学佛的儿子噶尔丹还俗归乡，噶尔丹的还俗之请得到了五世达赖和达赖的管家桑结嘉措的支持，五世达赖喇嘛还特意赐予噶尔丹"博硕克图"的称号。
1676年噶尔丹俘获其叔父楚琥尔乌巴什，至此在准噶尔部内部再无人能与噶尔丹争锋。次年正月二十日噶尔丹击败身为卫拉特盟主的和硕特部，昔日松散的卫拉特联盟被噶尔丹变成了事实上的准噶尔汗国。康熙十八年(1679年)七月噶尔丹领兵3万迫使吐鲁番、哈密臣服，准噶尔势力已伸展至甘州(今甘肃张掖)一带。从康熙十九年(1680年)起准噶尔贵族统治南疆达80余年之久。
噶尔丹在成功迫使哈萨克汗国臣服、乌兹别克汗国称臣进贡后得以称雄西域，与此同时噶尔丹还频频展开对沙俄的外交活动。噶尔丹在位时期准噶尔由天山以北的一个卫拉特部落同时向南疆、中亚、青海、西藏、内蒙古、外蒙古等地扩张。这时的北亚已形成了大清帝国、准噶尔汗国和沙皇俄国三足鼎立互动的局面。即使在噶尔丹的死后准噶尔部也并未被平定。
康熙、雍正、乾隆三代对准噶尔汗国进行了持续不断的打击，直到乾隆二十年(公元1755年)清军才成功攻克伊犁并俘获准噶尔大汗绰罗斯·达瓦齐。此后准噶尔部的阿睦尔撒纳一度举兵叛乱，但于1757年被清军平定，至此准噶尔汗国彻底灭亡。清代前期为什么会用三代人的时间对准噶尔汗国进行持续打击呢?准噶尔汗国被平定究竟有何历史影响呢?
准噶尔汗国希望效仿成吉思汗统一整个蒙古，而这恰恰正是清朝无论如何无法容忍的。清朝的立国之策就是“满蒙一家"。1593年蒙古科尔沁部明安和喀尔喀部劳萨与努尔哈赤遣使通好，“自是蒙古诸贝勒通使不绝”。1619年明朝大军在萨尔浒之战中惨败于后金的现实使明朝和蒙古这对宿敌看到了新兴的后金的力量，于是作为当时的漠南蒙古诸部名义上的宗主的察哈尔部林丹汗随即邀约了喀尔喀五部配合明朝协防铁岭。
然而由蒙古和明朝组成的联军却在女真人的打击下土崩瓦解。天命九年(1624年)科尔沁部成为蒙古诸部中率先臣属于后金者。次年林丹汗发兵讨伐科尔沁部，努尔哈赤命莽古尔泰、皇太极等前往救援，林丹汗被迫退兵。天命十一年(1626年)后金征巴林部、扎鲁特部，掠其人口、牲畜而归。这一时期后金对蒙古诸部采取政治安抚与军事打击相结合的策略。
后金与归附自己的蒙古部落进行会盟、联姻，而集中主要精力打击身为漠南蒙古各部盟主的察哈尔部。后来的孝庄太后和她的姑姑哲哲皇后以及姐姐宸妃海兰珠都是在这时嫁入后金宫廷的。天聪九年(明崇祯八年，1635年)四月皇太极讨伐察哈尔部的林丹汗，彻底统一漠南蒙古诸部并获得元朝的传国玉玺。次年皇太极帝并兼任蒙古大汗，同时改女真族名为满洲、改后金国号为清。
清朝统治者所要构建的实际上是一个涵盖满、蒙、汉多民族的大一统国家。清军甚至组建了蒙古八旗，借助蒙古各部的力量制衡中原汉人以维持自身统治。清朝皇帝接受蒙古和满人贵族的共同朝拜。有清一代皇族之女嫁给蒙古王爷、皇子皇孙迎娶蒙古王公的女儿这样的事就从未间断过。从皇太极起清朝的历代皇帝都有一个蒙古汗号：皇太极叫博格达彻辰汗、顺治叫额耶尔札萨克汗、康熙叫恩赫阿木古朗汗......
清朝所谓的“满蒙一家”并非单纯对蒙古诸部执行亲善政策，而是对归附于己的蒙古各部执行亲善政策，而对诸如准噶尔部这种不愿与清王朝成为一家的部族就是冷酷无情的打击了。简单理解就是清朝统治者向蒙古诸部喊话声称“满蒙一家”，结果准噶尔来了一句“谁跟你一家?”于是清朝统治者立刻回复道：“你要不愿意跟我一家，我就把你打成一家”。整个有清一代始终坚持对蒙古诸部实行顺者安抚、逆者讨伐的既定政策。
事实上准噶尔汗国的野心还不只在于统一蒙古：同时向南疆、中亚、青海、西藏、内蒙古、外蒙古等地扩张的准噶尔汗国实际上成为了清王朝在西部地区的一大劲敌。从康熙十七年(公元1678年)起噶尔丹就在追击和硕特部的过程中进入过青海。噶尔丹早年在西藏学佛期间曾与五世达赖喇嘛的管家桑结嘉措关系密切。如果任由噶尔丹吞并青藏高原，那么大清的西部疆界将完全暴露在准噶尔汗国的威胁之下。
噶尔丹死后准噶尔汗国的新大汗策妄阿拉布坦于康熙五十四年(1715年)派兵袭击哈密北境五寨，两年后他又派遣台吉大策凌敦多布率6000军从伊犁河谷出发，经过和田，攻占拉萨，杀拉藏汗，在卫藏建立统治。考虑到青藏高原的地缘优势将使准噶尔汗国在面临清军时具有居高临下的巨大优势。准噶尔汗国的扩张实际上已对清王朝西部地区的稳定造成了严重的威胁。
事实上清朝的版图在相当程度上正是在与准噶尔汗国的战斗中逐渐形成的。在清军入关之前就已被征服的漠南蒙古诸部一直与清皇室保持着联姻关系，同时漠南蒙古诸部也被纳入了清朝盟旗制度管辖之下。这时外蒙古(漠北喀尔喀蒙古)和西蒙古(漠西卫拉特蒙古)名义上也臣服于清王朝，可实际上并没真正归顺入疆。当时的外蒙古(漠北喀尔喀蒙古)主要分为土谢图汗部、札萨克图汗部和车臣汗部这三大部落。
尽管这三大部落同属漠北喀尔喀蒙古，不过彼此之间也是战乱不断。漠北喀尔喀蒙古比起漠南蒙古诸部距离北京城更远且毗邻俄罗斯边界。这种独特的地缘区位使其同时受到漠南蒙古、准噶尔部、西藏格鲁派以及俄罗斯等各方面的影响，因此清王朝对其的控制力度始终不及漠南诸部。康熙二十七年(1688年)漠北喀尔喀蒙古在西蒙古准噶尔部的威胁下归附清朝。
两年后康熙率兵十万御驾亲征噶尔丹后采取软硬兼施的方法与外蒙古诸部进行会盟。外蒙古诸部在准噶尔部和东进的俄罗斯势力的双重压力下也希望得到清王朝的保护。康熙与外蒙古王公在多伦会盟后取“江河入海和万宗归一”之意在当地建立“汇宗寺”。从此外蒙古通过条约的形式正式纳入清王朝的版图。1720年清军入藏驱逐了准噶尔军队，至此清王朝在西藏建立起自己的统治。
到了乾隆年间随着准噶尔汗国被彻底平定使得自唐朝后期以来丢失近千年之久的天山南北区域再次纳入中原王朝的版图之内。此时清朝的疆域达到了超过1300万平方公里的历史最大值。乾隆因此地为清朝新得疆土故命名为新疆。1759年清朝又平定天山以南的伊斯兰教白山派首领大小和卓叛乱，从此完全确立了清朝对新疆的稳固统治。清代对新疆的统治比起汉唐时期的羁縻制度更为稳固。
准噶尔汗国全盛时期的面积达到七百万平方公里。这时的准噶尔汗国足以与清帝国、沙皇俄国、法国、西班牙、荷兰、奥斯曼帝国、波斯、莫卧儿帝国等国共同跻身当时全球最强的十大帝国行列。1683年葛尔丹派往伊尔库茨克的代表团向沙俄表示：在俄国与清朝在黑龙江的冲突中支持沙俄。以此为标志开启了准俄联合抗清的历史序幕。在1690年的乌兰布通之战后葛尔丹还曾一度放言“借俄罗斯鸟枪兵六万助战”。
清王朝为拆散准噶尔和俄罗斯的联盟不得不对俄国做出重大让步：康熙年间的《尼布楚条约》、雍正年间的《恰克图条约》都在相当程度上对沙俄予以迁就。1754年至1763年英国、法国、西班牙、普鲁士、奥地利、俄罗斯等欧洲列强在欧洲本土、北美洲、中美洲、西非、印度等地爆发了一场争夺殖民地和霸权的战争。俄国在参与欧洲争霸时又在远东煽动准噶尔汗王达瓦齐对清朝用兵。
中国的地形整体上呈西高东低之势。晚清时期左宗棠曾对中国的山川地理形式分析道：“重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以卫京师。西北臂指相连，形式完整，自无隙可乘。若新疆不固，则蒙部不安，非特陕甘、山西各边时虞侵轶，防不胜防，即直北关山亦将无晏眠之日。中国的山川形胜皆起自西北，弃西部即弃中国”。准噶尔汗国被平定恰恰使清朝在新疆、西藏等地的统治稳固起来。
准噶尔汗国被平定后其故地实际上成为了清帝国与沙皇俄国之间的战略缓冲区。随着准噶尔汗国的被平定使清朝得以形成这样一种国防经济布局：由于牢牢掌握着新疆、西藏等地的统治权使清朝不仅获得了广阔的战略纵深，而且还拥有了一种居高临下的地利优势。从此西部地区成为巩卫国防的屏障。正由于这道屏障的存在使位于腹地的中原、江南得以安心发展经济建设。
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